Cuando estalló la revolución de septiembre en su contra el gobernador huyó y Villafañe se apoderó del gobierno.
En San Juan repuso al gobernador Manuel Quiroga Carril y allí pasó a Mendoza.
Inmediatamente de saber que Catamarca estaba nuevamente en manos federales, Facundo regresó a Córdoba junto con Aldao.
Fue en esa situación que el general José María Paz sorprendió a Quiroga, venciéndolo por completo en la batalla de Oncativo.
Además, el general debía entregar todas las armas a Lamadrid, que invadió la provincia de su odiado enemigo Quiroga.
Mientras regresaba desde Chile, se cruzó con el sargento mayor unitario Bernardo Navarro, que huía vencido a ese país.
Al saber la noticia, Quiroga decidió que hasta entonces había sido demasiado leal con sus enemigos, que le respondían con condenas a muerte, saqueos de sus bienes, torturas a su madre, y ahora con el asesinato de su mejor amigo.
Entonces cometió su peor crimen: hizo fusilar a 26 oficiales enemigos en venganza por la muerte de Villafañe.