En el pasado, las Colonias habían estado en guerra con una raza androide de su propia creación, conocida como los Cylons.
Con la ayuda involuntaria de un científico humano llamado Gaius Baltar, los Cylons lanzan un repentino ataque furtivo contra las Colonias, arrasando los planetas y devastando sus poblaciones.
De toda la Flota Colonial, la Battlestar Galactica parece ser la única nave militar que sobrevivió al ataque.
Han desarrollado una tecnología que les permite crear ejemplares Cylon orgánicos, con apariencia humana, que reciben el nombre de cylons humanoides y son semejantes a cyborgs (seres en parte humanos y en parte máquinas).
Esos nuevos cylons, idénticos en todo a los humanos (en la sangre, la piel, el sistema digestivo y los órganos reproductores, hasta el punto de poder mantener relaciones sexuales y procrear hijos, etc.), se han infiltrado durante años en la civilización humana.
Laura Roslin asume la presidencia de las colonias al ser el último miembro del gobierno con vida.
Sin embargo, solo las naves con capacidad de salto hiperespacial pueden unirse a la flota, por lo que muchos humanos son abandonados.
Entre los militares protagonistas, además del propio Adama, cabe destacar a Saul Tigh, su primer oficial; los pilotos Lee Adama (hijo del comandante), conocido como Apolo; Kara Thrace, una piloto conocida por el sobrenombre de Starbuck; Sharon Boomer Valerii; Karl Helo Agathon (que se quedó en Caprica para dejar su lugar en la nave a Baltar) y el jefe de mecánicos Galen Tyrol, entre otros.
Algunos cylons infiltrados son descubiertos pronto por la flota, como es el caso de Leoben (Número Dos), que protegía un depósito de armas, o Doral (Número Cinco), que se infiltra como relaciones públicas pero es descubierto por Gaius Baltar.
El comandante Adama logra sobrevivir al atentado, pero permanece durante un tiempo en estado de coma.
En su ausencia, el primer oficial Tigh declara la ley marcial, lo que incrementa las tensiones y las protestas entre los civiles.
Sharon Boomer Valerii (Número Ocho) es asesinada, pero su personalidad es recuperada ("descargada") por los cylons e insertada en un nuevo cuerpo.
Además, Starbuck es apresada por un tiempo en Caprica y sometida a experimentos médicos por otro modelo cylon conocido como "Simon" (Número Cuatro), de quien finalmente logra escapar.
Es el primer cylon que sirve conscientemente a las órdenes del comandante Adama y será conocida como Sharon Atenea Agathon.
Aunque Roslin intenta arreglar las elecciones, finalmente reconoce su derrota y Baltar, tras ser nombrado presidente, declara que su primera decisión es establecer la colonia de Nueva Caprica.
El presidente Baltar tiene que anunciar su rendición y su sometimiento al poder de los cylons en Nueva Caprica.
Durante la operación de rescate, Roslin intenta proteger a la mujer que ha adoptado a Hera, la hija híbrida de Sharon Atenea y Karl Helo Agathon, pero ella muere en la refriega y la niña es salvada por una copia del modelo Número Tres.
Una vez salvados, algunos miembros de la antigua Resistencia ejecutan sumariamente a varios colaboradores humanos del gobierno cylon.
Para descubrir su identidad, interrogan a un Híbrido, un modelo cylon de transición entre los primeros Centuriones robóticos y los cylons humanoides.
Por su parte, Kara Starbuck Thrace ha estado presa en una réplica de su antiguo apartamento en Caprica por una copia del Número Cinco, quien le hace creer que ha tenido una hija.
Tras enviar una misión de reconocimiento al planeta, Galen Tyrol se siente misteriosamente atraído hacia un lugar en las montañas donde descubre un antiguo templo.
Son Saul Tigh, Samuel Anders, Tory Foster (asistente de la presidenta Roslin) y Galen Tyrol.
Siempre lo han sido, aunque no lo sabían y habían estado viviendo durante años como humanos con recuerdos falsos.
Estas dudas aumentarán cuando los modelos cylon rebeldes, encabezados por la resucitada Número Tres (que conoce la identidad de los Cinco Finales) intentan llegar a una alianza con los humanos.
También se descubre que estos cinco Cylons fueron quienes desarrollaron los modelos cylon humanoides –considerándose sus 'padres' en el sentido más familiar– y la tecnología de la resurrección.
Esto fue considerado como traición por el modelo Número Uno, que se rebeló en su contra y les condenó a vivir entre los humanos de las Doce Colonias con sus recuerdos borrados.
En un último y desesperado salto de la Galactica realizado por Kara Starbuck Thrace, la nave llega a un sistema solar desconocido cuyo tercer planeta es habitable.
Los dos "ángeles" se pierden entre la muchedumbre mientras reflexionan si la humanidad habrá aprendido algo después de todo lo sucedido y los años pasados.
Aun así, no contenía las características especiales incluidas en la publicación del DVD separado de la miniserie.
Aun así, en la Región 1 se incluyen ambas versiones de Razor (cortada y extendida) en el pack "4.0".