Los franceses exigieron más territorio, mientras que los austriacos fueron reacios a ceder los designados en el tratado.

[2]​ El directorio francés estaba convencido de que los austriacos planeaban emprender otra guerra.

[4]​ La estrategia militar del Directorio en 1799 se plasmó en campañas ofensivas en todos los frentes: Italia, los cantones suizos, Renania y los Países Bajos.

André Masséna ya había entrado a Suiza un ejército de treinta mil soldados; penetró en la zona grisona de los Alpes y alcanzó Coira y luego Finstermünz, a orillas del Eno.

El principal ejército austríaco, con cerca de ochenta mil soldados al mando del archiduque Carlos, había pasado el invierno en la orilla oriental del Lech, en los territorios de Baviera, Austria y Salzburgo.

Carlos se preparó para cruzar el Rin en la ciudad suiza de Schaffhausen.

Von Hotze llevó a parte de su ejército, unos ocho mil soldados, al oeste, dejando el resto para defender Vorarlberg.

Dos altos oficiales del Ejército del Danubio, Charles Mathieu Isidore Decaen y Jean-Joseph Ange d'Hautpoul, se enfrentaban a consejos de guerra acusados de mala conducta por su oficial superior, Jourdan.

Jean-Baptiste Bernadotte y Laurent de Gouvion-Saint-Cyr habían abandonado el ejército alegando estar enfermos.

En este momento, los suizos se rebelaron nuevamente, esta vez contra los franceses; Zúrich era la última posición defendible en la que Masséna podía resistir.

El conde Heinrich Bellegarde, apostado en los territorios grisones con otros veinte mil soldados, impedía que Masséna recibiese refuerzos desde Italia.

La mayor amenaza era que el ejército principal del archiduque Carlos estaba a menos de un día de marcha; solo por su tamaño podría arrollar al ejército francés o, si se retiraba al oeste, podía cortar la retirada hacia Francia.

[9]​ Masséna estableció una línea de avance centrada en Winterthur al mando del experimentado general Jean Victor Tharreau para evitar que las fuerzas austriacas se unieran.

Las unidades francesas se dispusieron en un semicírculo desigual, con Winterthur en el centro del arco.

Si el centro no podía mantener su posición, los flancos quedarían aislados y podrían ser aplastados.

El ejército de Von Hotze, superado en casi cuatro a uno por el enemigo, fue aplastado por los franceses: setecientos cincuenta de sus soldados perecieron o resultaron heridos y otros mil cuatrocientos cincuenta fueron capturados.

[10]​[17]​ La superioridad numérica francesa no bastó, empero, para impedir que Von Hotze pudiese escapar con los restos de su ejército hacia Winterthur.

La tercera se encaminó hacia el flanco derecho francés,[18]​ como Ney esperaba que hiciera.

Ney había avanzado la brigada de Gazan y podía ver al enemigo marchando contra él.

[19]​[20]​ Desplegó más hombres en vanguardia y avanzó contra el flanco izquierdo austriaco.

Una descarga austríaca lo derribó junto con su caballo; la montura y Ney resultó lesionado en la rodilla.

Ney colocó un segundo destacamento en medio de un riachuelo fangoso que alimentaba a Töss; esta posición dominaba el pueblo y el camino que conducía las colinas, donde colocó un par de cañones.

Sin embargo, los austriacos arrollaron la posición tras hora y media de lucha,[20]​ aunque su empuje se agotó a continuación.

Los hombres de Von Hotze habían expulsado a Walther del puente, pero no pudieron cruzarlo.

Tharreau rodeó el Töss, intentando restablecer su vanguardia, pero Masséna no quería un enfrentamiento entre Zúrich y Neftenbach: sus ejércitos no estaban listos para enfrentarse a Carlos y necesitaba las defensas de Zúrich para montar una línea adecuada contra la inminente acometida austríaca.

[23]​ Hotze sufrió bajas relativamente altas: mil hombres murieron, fueron heridos o desaparecieron, un 12.5 % de sus soldados.

Estas pérdidas fueron comparables a las ochocientas bajas que sufrió Ney, un 11.5 % de sus siete hombres.

Masséna tuvo que retirarse allende el Limago; allí estableció una posición defensiva en las colinas y esperó su oportunidad para recuperar la ciudad.