El núcleo del casco antiguo, que es medieval, todavía hoy es reconocible y está bien conservado.
La ciudad de Eglisau, fundada por la familia von Tengen, estuvo en su poder hasta 1463.
En 1463, Eglisau quedó bajo el gobierno del barón Bernhard Gradner, un noble austríaco.
El último gobernador fue Salomon Landolt, que dimitió en 1798.
Debido a la importancia estratégica de la ciudad, sufrió mucho por los disturbios de las Guerras Napoleónicas entre 1799 y 1813.