El primer ataque lo sufrió en este mismo cuartel en el bombardeo aéreo franquista del 25 de septiembre.
El batallón conquistó su objetivo pero tuvo que retroceder ante el fracaso de otras unidades republicanas.
En marzo de 1937 hubo diversas desavenencias entre el Gobierno Vasco y el sindicato CNT, y el Batallón Isaac Puente tuvo un fuerte enfrentamiento con dos batallones nacionalistas que salieron a su paso en Galdácano, pero finalmente todo se solucionó sin enfrentamiento armado.
Tras combatir hasta el final en Asturias y ante el inminente derrumbe final del Frente Norte, parte de sus hombres evacuaron por mar, logrando escapar del cerco y llegar a la costa de Francia para volver a combatir en Cataluña en distintas unidades.
A los actos acudieron los antiguos milicianos Félix Padín Gallo, Marcelino Bilbao y Francisco Alonso Uriarte.