A fin de recibir facultades legales que le posibilitaran tal labor, instigó a que se reunieran dos asambleas representativas en el Perú, por cada una de las grandes divisiones que impuso en dicha nación: el Sur y el Norte peruanos; otra asamblea o congreso se reuniría en Bolivia para igual fin.

La asamblea de los departamentos del sur del Perú (Cuzco, Arequipa, Ayacucho y Puno), reunida en Sicuani, creó el Estado Sud-Peruano y designó como su Supremo Protector a Santa Cruz (marzo de 1836).

Unos meses después se reunió la asamblea de los departamentos del norte (Amazonas, Lima, La Libertad y Junín) en Huaura (agosto de 1836), que acordó la creación del Estado Nor-Peruano, otorgando igualmente el poder político a Santa Cruz como Supremo Protector.

El diseño se dejó a la voluntad del Protector.

El Estado Sud-Peruano fue el primero en formarse de los dos, por lo que adoptó una nueva bandera.