Asimismo en 1825, Simón Bolívar, había sido nombrado por la Asamblea del Alto Perú como Protector.Tras adueñarse del Perú tras una sangrienta guerra librada entre 1835 y 1836, procedió a organizar la Confederación peruano boliviana.Ambas asambleas dieron el poder político a Santa Cruz como Supremo Protector y le otorgaron facultades para que organizara la Confederación.Enseguida se trasladó a Arequipa donde renunció a todo su poder el día 20 de febrero, para luego embarcarse en el puerto de Islay, rumbo al exilio.Así finalizó su gobierno como Protector del estado binacional peruano y el boliviano.
El Mariscal Andrés de Santa Cruz, Protector de la Confederación Perú-Boliviana.
