[3] Estas pretensiones contrapuestas de ejercer el mismo derecho dificultaron que la Santa Sede nombrara obispos en las nuevas repúblicas.[3] La Asamblea Constituyente de Centroamérica se pronunció sobre el tema, estableciendo que era la nación centroamericana la que tenía derecho a presentar las diócesis, y no los estados federados individualmente, aunque dejó la posibilidad de negociar los nombramientos con la Santa Sede.[4][5] Durante la toma de posesión, que Delgado retrasó un año aduciendo compromisos en el Congreso, la iglesia parroquial de la ciudad fue consagrada como catedral,[6] y "se cantó una misa solemne a cargo del diputado presbítero Pablo María Sagastume".[5] Cañas e Isidro Menéndez habían sido solicitados por Delgado para tomar la importante decisión de aceptar el cargo.[5] Además, informó a la Santa Sede sobre el asunto,[10] añadiendo que Delgado “con la ayuda de un contingente militar y doscientos residentes” había intimidado al Congreso.[12] Esta reacción del arzobispo guatemalteco implicó una ruptura tácita entre El Salvador y Guatemala.[4] Las medidas tomadas por Casaús estaban perfectamente alineadas con las disposiciones del derecho canónico, sin embargo su anterior oposición a la independencia centroamericana hizo creer a sus detractores que simplemente intentaba obstaculizar la independencia salvadoreña.[13] Menéndez justificó también el ejercicio del patronazgo por parte de las nuevas repúblicas, ya que: «el rey no fundaba ni sostenía con su propio dinero dichas iglesias y beneficios; lo hizo con los ingresos de la nación... Bueno, en la federación centroamericana ¿quién construye, quién sustenta los beneficios?[15] Esta decisión fue la respuesta a la asamblea guatemalteca que había tomado la misma medida el 27 de octubre del año anterior.El arzobispo tampoco permitió que Delgado, de tendencia liberal, se convirtiera en obispo.[12] Sin embargo, el Senado federal sostuvo la opinión contraria: desaprobó el decreto del Congreso en la parte relativa a José Matías Delgado, y autorizó su elección porque los estados tenían "plenos poderes para la erección de diócesis y la designación de obispos".[12] Meléndez Chaverri afirma que esta resolución no tuvo efecto debido al retraso tanto por parte del Senado como por parte de Manuel José de Arce y Fagoaga, quien no quiso comprometerse a implementarla.
Excatedral basílica del Sagrado Corazón de Jesús, en San Salvador
Presbítero José Matías Delgado, quien buscaría ser obispo de San Salvador a pesar de la oposición del arzobispo Ramón Casaus y Torres. Además de ello sería gobernador eclesiástico y vicario provincial de San Salvador hasta el 21 de enero de 1831, y diputado presidente del congreso estatal de 1832. Fallecería el 12 de noviembre de 1832, luego de lo cual el congreso estatal lo nombraría Benemérito de la Patria.
