El conjunto documental de la ciudad ha sufrido importantes pérdidas debido a la Guerra de Sucesión, o a la Guerra Civil, que hicieron perder gran parte del archivo de la iglesia de Santa Justa y Rufina o del Santuario de Nuestra Señora de Monserrate.
También supuso una gran pérdida de documentación la acción desamortizadora de la Ley de Desamortización del ministro Mendizábal, que hizo perder numerosa documentación de conventos, monasterios y de la Universidad, e incluso del Ayuntamiento, que pasaron al Archivo Histórico Nacional En la actualidad existen diversos archivos cuyas titularidades son públicas y privadas, destacando entre las privadas los archivos propiedad de la Iglesia católica por el número y antigüedad de sus documentos.
[4] Este códice, considerado uno de los símbolos desde la época medieval de Orihuela junto al Glorioso Estandarte del Oriol, el Libro de Privilegios y el escudo, fue sustraído entre los años 1907 y 1908 y comprado por un librero catalán entre los años 1920 y 1922.
Poco tiempo después fue adquirido por la Diputación de Barcelona y actualmente el libro se halla en la Biblioteca de Cataluña.
Su devolución ha sido pedida hasta en cinco ocasiones: en 1931, 1991, 1995, 2002 y 2006, tanto por el Ayuntamiento de Orihuela como por la Generalidad Valenciana, sin embargo nunca ha sido realizada.