En todo caso, la oposición más visible contra la masonería es y ha sido aquella que, proviniendo desde las estructuras próximas al poder, o desde el poder mismo, ha adoptado la forma de su prohibición, anatemización, persecución y castigo.[2] Pero la masonería insiste en que su metodología iniciática tiene una formulación ritualística y una liturgia que, aun no siendo religión en el sentido usual del término, responde a inquietudes humanas semejantes, dando lugar a análogas controversias.Manuel Rodríguez fue asesinado al parecer por órdenes de la Logia a sangre fría y sin proceso alguno.En el transcurso de la Revolución y durante los primeros tiempos del gobierno revolucionario, la masonería lo había respaldado, pero la radicalización del proceso trae como resultado que algunos de sus altos funcionarios abandonen el país.Por ejemplo, el ex Gran Maestro J. J. Tarajano funda en Estados Unidos la Gran Logia de Cuba en el exilio, que fue reconocida en la Conferencia de Grandes Maestros celebrada en Washington.[8] Tras estas etapas de represión, comienza una larga decadencia en la masonería cubana.[7] En Miami está localizada la Gran Logia de Cuba en el exterior, que no es aceptada como legítima por la masonería americana.[10] En el territorio nacional cubano hay repartidas 314 logias, que cuentan con 29.000 hermanos aproximadamente.En 1952, cuando el rey Faruk de Egipto fue destronado por Gamal Abdel Nasser, se prohibió la masonería.[13] Bajo la dictadura, la antimasonería, reflejada en la teoría de la conspiración judeo-masónico-comunista-internacional, era doctrina oficial del régimen franquista.[16] Hoy en día, los nuevos jueces británicos tienen que declarar su pertenencia a la masonería antes de ejercer.[17] En 1980, el código penal de Irak fue cambiado por Saddam Hussein y el Partido Árabe Socialista Baaz, prohibiendo la promoción de ideas sionistas, incluyendo masónicas, así como la pertenencia a dichas organizaciones.[19] En Marruecos, el rey Hassan II prohibió la masonería después de su acceso al trono.[21] En 1931, siendo ministro António de Oliveira Salazar, se ilegalizó a la masonería.[22] En 1937, el coronel Arthur Fonjallaz quiso prohibir la masonería en Suiza por medio de una iniciativa popular.[23] Después de que el Papa Clemente XII excomulgase a la masonería en 1738, la influyente comunidad cristiana del Imperio otomano, junto con algún ulema (teólogo islámico), presionaron al sultán turco Mahmut I para que prohibiese la masonería bajo la acusación de ateísmo.Entre los gobernantes de izquierda que proscribieron la masonería se encuentran: Stalin (URSS) y Béla Kun (Hungría).El congreso promulgó la incompatibilidad entre la pertenencia a la masonería o la Liga de los derechos humanos y un partido comunista.También ha sido perseguida la masonería por religiones y por gobiernos teocráticos (véase Antimasonería por país), a pesar de que la masonería no se define a sí misma como una religión.Se precisó que la masonería no era una estructura para reunir gentes de varios horizontes con religiones y filosofías diferentes para trabajar sobre problemas comunes, sino que la masonería tenía su propia filosofía, religiosidad y visión del mundo, su propio lenguaje religioso, sus propios rituales, moralidad y valores.Asimismo se ha criticado su estructura jerárquica por no formar parte de ningún ideario libertario o fraternal.[29] Según Manuel Guerra Gómez, el laicismo, de origen e impronta masónicos, suele terminar por convertirse en un fundamentalismo sectario.
