Fue regente de Navarra para su hermano Enrique II de Navarra en varias ocasiones entre 1517 y 1532.
[1] Los planes de casarse con Juan se vieron interrumpidos en 1496, cuando nació su primer hermano, Juan, y ella dejó de ser heredera al trono; y aunque su hermano murió poco después, devolviéndola a su posición, mientras tanto Juan se casó con Margarita de Austria.
[1][2] En 1500, Ana, entonces todavía heredera del trono, fue prometida al nieto de Fernando e Isabel.
El matrimonio no se concretó ya que en 1512 Navarra fue conquistada por Castilla y ya no fue necesaria la anexión de Navarra mediante alianza matrimonial.
Puesto que Enrique pasó la mayor parte de su tiempo en la corte francesa durante su reinado, Ana gobernó Navarra en su ausencia en varias ocasiones entre 1517 y 1532 en que falleció.