Su padre decidió que debería seguir una carrera eclesiástica cuando todavía era una niña.
A la muerte de la Princesa-Abadesa Ana Sofía II, Ana Dorotea fue elegida para sucederla, aunque no sin dificultades que requirieron la intervención del guardián de la abadía-principado y también miembro de la familia Wettin, el Elector Juan Jorge III de Sajonia.
En 1698, Federico Augusto I, quien sucedió en el Electorado de Sajonia en 1694 y había sido elegido rey de Polonia en 1697, se encontró con necesidad de dinero ya que la elección le había costado una fortuna.
La princesa-abadesa protestó contra la venta y rechazó reconocer al elector de Brandeburgo como el nuevo guardián de la abadía-principado hasta que la ocupación militar el mismo año le obligó a hacerlo.
Ana Dorotea sufrió de mala salud en 1703 y fue a Carlsbad a recuperarse, pero sin éxito.