Ambon es el principal puerto de la isla y su ciudad más poblada, con 330 355 habitantes censados en 2010.
A principios del siglo XVI, los portugueses fueron los primeros europeos en implantarse en las Molucas, estableciendo puestos militares y comerciales en las islas Molucas del norte, y misiones católicas.
El almirante Steven van der Hagen tomó la plaza sin un solo disparo, y la VOC instaló allí su cuartel general de 1610 a 1619.
[2] La fortaleza fue remodelada y ampliada, su nombre cambiado a Kasteel Nieuw Victoria (nuevo castillo de Victoria), y un poblado empezó a desarrollarse al amparo de su murallas.
Las condiciones desventajosas de estos intercambios les reducían al hambre y a la pobreza, por lo que las hostilidades contra los holandeses fueron en aumento.
Por el Tratado anglo-neerlandés de 1824 consiguieron mantener su dominio sobre la isla hasta el siglo XX.
La ciudad era la sede del gobernador civil y militar neerlandés de las islas Molucas.
La base y la ciudad fueron efectivamente atacadas por los japoneses en 1942, en lo que se conoce como la batalla de Ambon; tras la toma, las tropas japonesas ejecutaron sumariamente a 300 prisioneros de guerra holandeses (mayoritariamente indonesios) y australianos.
El nombramiento en los años 1990 de un gobernador musulmán por el presidente Suharto, permitió que más musulmanes accedieran a altos puestos de la administración local y que los cristianos empezaran a perder peso tanto en la esfera política como en los negocios.
Desde entonces, ambas comunidades religiosas están segregadas en dos zonas separadas por una franja de terreno desierta.
Tanto usando el ferry que cruza la bahía, como en coche, el trayecto se suele hacer en una hora.