Cursó sus estudios en el Seminario diocesano de Cuenca, ciudad donde también estuvo ejerciendo como párroco.

Posteriormente se trasladó a Henarejos, una localidad próxima a su pueblo natal, para estar cerca de su familia y practicar su deporte favorito, la caza, afición que compartía con dos de sus hermanos.

Existen pocos testimonios acerca de su vida como párroco; sin embargo, en un artículo de crónica relativo al pueblo de Henarejos (Cuenca), escrito con motivo de la Fiesta del Árbol, se dice: «Invitado por el señor alcalde, D. Mariano Cañete, y demás autoridades, fue nuestro querido párroco, D. Agustín Navarro Zapata, el que primero nos dirigió la palabra, quien, con la dulzura que le caracteriza, manifestó en elocuentes frases el respeto que desde tiempos muy remotos se le había tenido al árbol, así como las ventajas que reporta».

[3]​ Al comenzar la guerra civil española (1936-39) dejó su parroquia en Henarejos y se trasladó a Fuentelespino de Moya, donde poseía casa solar, además de familiares y amigos que podían protegerle.

Según testimonio de su sobrino, Secundino Navarro Saiz (Fuentelespino de Moya, 1931): Al poco fueron los que habían mandado vigilar la casa y como no lo encontraron sacaron todo lo que quisieron, ropa, incluso muebles… y allí mismo le pegaron fuego a todo….

Estando allí, para distraerse un poco pensó en cazar y mandó a uno de los resobrinos al pueblo, para pedir a mi padre que le diera la escopeta y el perro.

Le mandaron sacar cosas de una iglesia, maderas o lo que fuera y no sé cuántas perrerías.

[3]​ Según testimonio de Secundino Navarro Saiz, después de la guerra la familia fue a buscar los restos del sacerdote: … fuimos a buscarle, mis padres, mis tíos y yo… Yo tenía entonces unos 8 años, pero me acuerdo perfectamente.