Su nombre ha quedado estrechamente asociado con las checas y con la represión republicana en Madrid durante la contienda.Desde ese momento empezó a participar en actividades políticas y sindicales.[5] Como obrero tipógrafo trabajaría para los diarios madrileños La Voz y El Sol.[6][10] Allí instalaron una «checa» compuesta por cuarenta y ocho agentes, todos ellos de nuevo nombramiento, actuando como segundo jefe Ángel Pedrero García,[11] mientras que como jefes de grupo actuaron Luis Ortuño y Antonio Albiach Chiralt.4] Agapito García solía asegurarse de que la prensa republicana —particularmente el diario Informaciones— diera una amplia cobertura a las actividades de su grupo,[17] lo que llevaría a adquirir notoriedad en la zona republicana.[19] Para octubre de 1936 la actividad del grupo García Atadell había decaído de forma significativa, y el propio Agapito empezó a ser cuestionado desde algunos sectores republicanos.Cuando se hizo evidente su huida, la prensa republicana reaccionó y empezó a arremeter duramente contra Atadell.[23] Aunque se solicitó la extradición, la petición llegó demasiado tarde, dado que este ya había embarcado en un barco rumbo a América.[24] Según señalan los historiadores Hugh Thomas y Sara Izquierdo Álvarez, durante su estancia en la prisión se convirtió al catolicismo[27][28].
En sendas fotografías en 1937, tras su detención por los franquistas.