Comprende el África subsahariana, Madagascar, las islas del océano Índico occidental y se extiende hasta el Sur de la península arábiga.
La región afromontana, desde el macizo Etíope hasta los montes Drakensberg de Sudáfrica, pasando por el Gran Valle del Rift y la Selva montana de la falla Albertina.
Algunos biomas: La ecozona afrotropical alberga varias familias de plantas endémicas.
También son endémicas de la ecozona Barbeyaceae, Montiniaceae, Myrothamnaceae y Oliniaceae, entre otras.
A la región afrotropical se le atribuye el origen de Afrotheria (orden formado por tenrecs, topos dorados, cerdo hormiguero, musarañas elefante, damanes, sirenios, proboscideos y miembros extintos, embritópodos y desmostilios)