[2] Antes de su inauguración oficial, el aeropuerto ya operaba desde la primera mitad del siglo XX e inicialmente tenía como nombre Aeropuerto John F. Kennedy (JFK), aunque en la práctica nunca se utilizó de manera pública este nombre.
En 1999, la Airport Group International fue comprada por TBI plc y en 2004, la corporación española Abertis compró TBI plc, tomando control de la operación de los tres aeropuertos internacionales en Bolivia.
[3] La nueva terminal incluye diversas tiendas que ofrecen artesanías típicas bolivianas, además de librerías, así como también sucursales en las salas de preembarque internacional y en el vestíbulo principal respectivamente.
Siendo el aeropuerto internacional más alto del mundo, El Alto ofrece características únicas que las empresas aeronáuticas tales como Airbus y Boeing aprovechan a fin de realizar pruebas de vuelo a gran altitud para certificar sus aeronaves.
[4][5] Se puede acceder al aeropuerto desde las ciudades de La Paz y El Alto por varios medios.
Taxis privados y de diferentes compañías también realizan viajes al aeropuerto desde ambas comunas.
En la película Quantum of Solace (2008) aparece el Aeropuerto Internacional El Alto en escena cuando James Bond viaja a Bolivia.