Históricamente, las competencias relacionadas con la marina mercante española fueron responsabilidad del Ministerio de Marina, aunque en época contemporánea han estado ligadas al Ministerio de Fomento.
Así pues, a finales del siglo xix se fue clarificando la estructura administrativa que gestionaba la mencionada marina mercante, dependiendo por aquel entonces de la Sección de Marinería e Industrias Marítimas del Ministerio de Marina.
[4] Precisamente, a finales del referido siglo, los diferentes sectores del ámbito naval civil debatieron sobre la necesidad de crear una Dirección General de la Marina Mercante y, si bien todos estaban de acuerdo en su creación, diferían de que en departamento debería integrarse, unos defendiendo que se mantuviera en Marina y otros que se integrara en Fomento.
[5] En 1884 y dependiente de la Subsecretaría del Ministerio, se creó la Junta de la Marina Mercante, un órgano asesor para tratar asuntos relativos a este ámbito.
Entre otros órganos, destacaba la existencia de un Consejo Superior para asesoramiento.
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