Funcionalmente se divide en tres áreas, respectivamente dedicadas a los recursos pesqueros, la acuicultura y la conservación del medio marino.

Instituto Español de Oceanografía, una revista científica que se publica, con distintas cabeceras, desde 1916.

Como organismo del gobierno, representa a España en las negociaciones internacionales, incluidas las bilaterales con países como Mauritania, Marruecos, Canadá… en cuyos bancos faenan los pesqueros españoles; como en las multilaterales, en el seno de las diversas comisiones internacionales.

La sede central se encuentra en Madrid, y cuenta además con centros en La Coruña, Cádiz, Fuengirola (Málaga), Gijón (Asturias), Palma de Mallorca (Baleares), San Pedro del Pinatar (Murcia), Santander (Cantabria), Santa Cruz de Tenerife y Vigo (Pontevedra).

El Instituto pasó tiempos difíciles durante la Guerra Civil, y en las décadas siguientes, operando con recursos mínimos pero manteniendo la presencia de España en los organismos internacionales.

Una marcha en ambos casos por la situación del Instituto, según reflejó la prensa en ese momento.

[15]​ En marzo de 2021 se hizo efectiva esta integración, pasando a ser un centro nacional del CSIC.