[1]​[2]​ En 1938 y 1939 se propuso crear un laboratorio de biología marina en Cádiz.

Sin embargo, no fue hasta 1991, cuando surgió la necesidad de asesorar a la Comisión Europea sobre los recursos pesqueros del Golfo de Cádiz, que se decidió crear un centro de investigación pesquera.

[3]​ El equipo original, liderado por Ignacio Sobrino Yraola, incluía a Milagros Millán Merello, Fernando Ramos Modrego, Mª Paz Jiménez Gómez e Inmaculada Barbosa.

En 2008, el centro fue formalmente creado y en 2009 se trasladó de nuevo a su sede en el puerto de Cádiz tras una remodelación iniciada en 2005, encontrándose hasta entonces su sede dentro del Centro Andaluz de Ciencia y Tecnología Marina, en el campus universitario de Puerto Real.

[4]​ En 2012, la sede fue inaugurada oficialmente y el Instituto Español de Oceanografía se integró en la Fundación CEI-MAR y la Escuela Internacional de Doctorado en Estudios del Mar, impulsando su participación en la docencia y la investigación.