Ómicron (B.1.1.529) es una variante del SARS-CoV-2 notificada por primera vez a la Organización Mundial de la Salud (OMS) por la Red de Vigilancia Genómica de Sudáfrica el 24 de noviembre de 2021. [10] [11] Se detectó por primera vez en Botsuana y se ha extendido hasta convertirse en la variante predominante en circulación en todo el mundo. [12] Después de la variante original B.1.1.529, han surgido varias subvariantes de Ómicron, entre ellas: BA.1 , BA.2 , BA.3 , BA.4 y BA.5 . [13] Desde octubre de 2022, han surgido dos subvariantes de BA.5 llamadas BQ.1 y BQ.1.1 .
Tres dosis de una vacuna contra la COVID-19 brindan protección contra la enfermedad grave y la hospitalización causadas por Ómicron y sus subvariantes. [14] [15] [16] [17] Para las personas vacunadas con tres dosis, las variantes BA.4 y BA.5 son más infecciosas que las subvariantes anteriores, pero no hay evidencia de mayor enfermedad o gravedad. [13] [18] [19]
A partir del 1 de septiembre de 2024 [update], las variantes de interés especificadas por la Organización Mundial de la Salud son BA.2.86 y JN.1, y las variantes bajo seguimiento son JN.1.7, KP.2, KP.3, KP.3.1.1, JN.1.18 y LB.1. [20]
El nombre de la variante ha sido confundido ocasionalmente con "Omnicron" entre algunos hablantes de inglés, debido a la falta de familiaridad con el alfabeto griego y la frecuencia relativa del prefijo latino "omni" en otras formas de habla común. [22] [23]
El proyecto GISAID le ha asignado el identificador de clado GR/484A, [24] y el proyecto Nextstrain le ha asignado los identificadores de clado 21K y 21L, ambos pertenecientes a un grupo ómicron más grande 21M. [25]
Historia
La variante ómicron se detectó por primera vez el 22 de noviembre de 2021 en laboratorios de Botsuana y Sudáfrica a partir de muestras recogidas entre el 11 y el 16 de noviembre [26] , y las primeras muestras conocidas se recogieron en Johannesburgo ( Sudáfrica) el 8 de noviembre de 2021 [27] . Los primeros casos conocidos fuera de Sudáfrica fueron dos personas que viajaron el 11 de noviembre: una que voló de Sudáfrica a Hong Kong vía Qatar y otra que viajó de Egipto a Bélgica vía Turquía [28] [29] El 26 de noviembre de 2021 , la OMS designó a la variante B.1.1.529 como una variante preocupante y la denominó "ómicron", en honor a la decimoquinta letra del alfabeto griego [10] . Hasta el 6 de enero de 2022, la variante se había confirmado en 149 países [30] .
Hipótesis de origen
Ómicron no evolucionó a partir de ninguna otra variante, sino que divergió en una trayectoria distinta, tal vez en 2020. [30] [31] Se están examinando hipótesis competitivas.
Una hipótesis de origen es que varias mutaciones en la variante Ómicron, que comprende una secuencia de 9 nucleótidos , pueden haber sido adquiridas de otro coronavirus (conocido como HCoV-229E ), responsable del resfriado común. [32] Esto no es del todo inesperado: a veces, los virus dentro del cuerpo adquieren e intercambian segmentos de material genético entre sí, y este es un medio común de mutación. [32]
Un vínculo con la infección por VIH puede explicar una gran cantidad de mutaciones en la secuencia de la variante ómicron. [33] De hecho, para verse afectado por una cantidad tan alta de mutaciones, el virus debe haber podido evolucionar durante mucho tiempo sin matar a su huésped, lo que puede ocurrir en personas con un sistema inmunológico debilitado que reciben suficiente atención médica para sobrevivir. [33] [34] Este es el caso de los pacientes con VIH en Sudáfrica, que representan alrededor del 14% de la población (a partir de 2017). [35] La prevención del VIH podría ser clave para reducir el riesgo de que el VIH no controlado impulse la aparición de variantes del SARS-CoV-2 . [33]
Una hipótesis para explicar las nuevas mutaciones es que el SARS-CoV-2 se transmitió de humanos a ratones y mutó en una población de ratones en algún momento entre 2020 y 2021 antes de reinfectar a los humanos. [31]
El 1 de diciembre de 2022, un equipo de investigadores de la Charité (Berlín) publicó un estudio, ahora retractado , en la revista Science en el que afirmaban que "los datos revelaron que ya existían ancestros ómicron genéticamente diversos en toda África en agosto de 2021". [36] Después de un nuevo análisis debido a dudas, [37] el equipo se retractó del artículo el 20 de diciembre de 2022, debido a la contaminación de las muestras. [38] [39]
Desparramar
El 24 de noviembre de 2021, la OMS recibió por primera vez la información sobre la variante procedente de Sudáfrica, a partir de muestras recogidas entre el 14 y el 16 de noviembre. [26] Los científicos sudafricanos fueron alertados por primera vez por muestras de principios de noviembre en las que las pruebas de PCR presentaban un fallo en la diana del gen S (ocurre en algunas variantes, pero no en la variante Delta, que dominó el país en octubre) y por un aumento repentino de los casos de COVID-19 en Gauteng; la secuenciación reveló que más del 70 por ciento de las muestras recogidas en la provincia entre el 14 y el 23 de noviembre eran una nueva variante. [40]
Los primeros especímenes confirmados de Ómicron se recolectaron el 8 de noviembre de 2021 en Sudáfrica y el 9 de noviembre en Botsuana. [41] Se habían encontrado muestras probables de Ómicron (SGTF) el 4 de noviembre de 2021 en Pretoria, Sudáfrica. [ cita requerida ]
Cuando se alertó a la OMS el 24 de noviembre, Hong Kong era el único lugar fuera de África que había confirmado un caso de ómicron: una persona que viajó desde Sudáfrica el 11 de noviembre y otro viajero que se infectó de forma cruzada con este caso mientras se alojaba en el mismo hotel de cuarentena. [28]
El 25 de noviembre se identificó un caso confirmado en Israel de un viajero que regresaba de Malawi, [42] junto con dos que regresaron de Sudáfrica y uno de Madagascar. [43] Los cuatro casos iniciales notificados desde Botswana se produjeron entre personas totalmente vacunadas. [44]
El 26 de noviembre, Bélgica confirmó su primer caso: una persona no vacunada que había viajado desde Egipto vía Turquía el 11 de noviembre. [29] Los tres casos iniciales confirmados y sospechosos notificados desde Israel se produjeron entre personas totalmente vacunadas, [42] al igual que un único caso sospechoso en Alemania. [45]
El 27 de noviembre se detectaron dos casos en el Reino Unido, otros dos en Múnich , Alemania y uno en Milán , Italia. [46]
El 28 de noviembre se confirmaron 13 casos en los Países Bajos entre los 624 pasajeros de aerolíneas que llegaron de Sudáfrica el 26 de noviembre. [47] Más tarde se confirmaron otros 5 casos entre estos pasajeros. [48] En general, para entrar en los Países Bajos se requería haber sido vacunado o haberse hecho una prueba de PCR, o haberse recuperado. Los pasajeros de estos dos vuelos se habían sometido a pruebas a su llegada debido a las nuevas restricciones impuestas (que se establecieron durante su vuelo), después de lo cual 61 dieron positivo para SARS-CoV-2. [49] Se detectaron otros dos casos en Australia. Ambas personas aterrizaron en Sídney el día anterior y viajaron desde el sur de África al aeropuerto de Sídney vía el aeropuerto de Doha . Las dos personas, que estaban completamente vacunadas, entraron en aislamiento; otros 12 viajeros del sur de África también entraron en cuarentena durante catorce días, mientras que unos 260 pasajeros y tripulantes más en el vuelo recibieron instrucciones de aislarse. [50] Dos viajeros de Sudáfrica que aterrizaron en Dinamarca dieron positivo para COVID-19; el 28 de noviembre se confirmó que ambos portaban la variante Ómicron. [51] [52] Ese mismo día, Austria también confirmó su primer caso de ómicron. [53] Se informó de un caso de ómicron detectado en la República Checa, de un viajero que pasó un tiempo en Namibia. [54] Canadá también informó de sus primeros casos de ómicron, dos de ellos de viajeros de Nigeria, convirtiéndose así en el primer país de América del Norte en informar de un caso de ómicron. [55]
El 29 de noviembre, se registró un caso positivo en Darwin , Australia. La persona llegó a Darwin en un vuelo de repatriación desde Johannesburgo, Sudáfrica, el 25 de noviembre, y fue llevada a un centro de cuarentena, donde se registró la prueba positiva. [56] Dos personas más que viajaron a Sídney desde el sur de África vía Singapur dieron positivo. [57] Portugal notificó 13 casos de Ómicron, todos ellos miembros de un club de fútbol. [58] Suecia también confirmó su primer caso el 29 de noviembre, [59] al igual que España, cuando un viajero llegó desde Sudáfrica. [60]
El 30 de noviembre, los Países Bajos informaron que se habían detectado casos de Ómicron en dos muestras que databan del 19 de noviembre. [61] Se registró un caso positivo en Sídney de un viajero que había visitado el sur de África antes de que se impusieran restricciones de viaje y que posteriormente estuvo activo en la comunidad. [62] Japón también confirmó su primer caso. [63] Dos médicos israelíes dieron positivo y entraron en aislamiento. Ambos habían recibido tres dosis de la vacuna Pfizer antes de dar positivo. [64] En Brasil, se confirmaron tres casos de la variante Ómicron en São Paulo . [65] Otros cinco están bajo sospecha. [66] [67] Una persona en Leipzig , Alemania, sin antecedentes de viajes ni contacto con viajeros dio positivo para Ómicron. [68]
El 1 de diciembre, se detectó la variante ómicron en tres muestras en Nigeria que se habían recogido de viajeros procedentes de Sudáfrica durante la última semana. [69] [70] El mismo día, las autoridades de salud pública de los Estados Unidos anunciaron el primer caso confirmado de ómicron en el país. Un residente de San Francisco que había sido vacunado regresó de Sudáfrica el 22 de noviembre, comenzó a mostrar síntomas leves el 25 de noviembre [71] y se confirmó que tenía un caso leve de COVID-19 el 29 de noviembre. [72] Irlanda y Corea del Sur también notificaron sus primeros casos. [73] Corea del Sur notificó sus casos de cinco viajeros que llegaron a Corea del Sur desde Nigeria. [74]
El 2 de diciembre, las autoridades sanitarias holandesas confirmaron que los 14 pasajeros con infección confirmada por Ómicron el 26 de noviembre habían sido vacunados previamente. [75] El mismo día, el Instituto Noruego de Salud Pública confirmó que 50 asistentes a una fiesta navideña de una empresa celebrada en un restaurante de la capital de Noruega, Oslo , estaban infectados con la variante Ómicron. [76] Francia ha confirmado solo 25 casos de la nueva variante Ómicron, pero las autoridades dicen que el número podría aumentar significativamente en las próximas semanas. [77]
El 6 de diciembre, Malasia confirmó su primer caso de la variante. Se trataba de un estudiante sudafricano que ingresaba a estudiar en una universidad privada. [78] En Namibia, se determinó que 18 casos de 19 muestras positivas de COVID-19 que se habían recolectado entre el 11 y el 26 de noviembre eran ómicron, lo que indica un alto nivel de prevalencia en el país. [79] Fiji también confirmó dos casos positivos de la variante. Viajaron desde Nigeria y llegaron a Fiji el 25 de noviembre. [80]
El 9 de diciembre, Richard Mihigo, coordinador del Programa de Inmunización y Desarrollo de Vacunas de la Organización Mundial de la Salud para África, anunció que África representaba el 46% de los casos notificados de la variante ómicron a nivel mundial. [81]
El 13 de diciembre se informó de la primera muerte de una persona con Ómicron en el Reino Unido. [82]
El 16 de diciembre, Nueva Zelanda confirmó su primer caso de la variante Ómicron, un individuo que había viajado desde Alemania vía Dubái. [83]
La primera muerte de una persona con ómicron se informó en Alemania el 23 de diciembre [84] y en Australia el 27 de diciembre. [85]
En Navidad de 2021, la cepa Ómicron se volvió dominante en los EE. UU. [86]
El 3 de enero de 2022, Corea del Sur informó de las dos primeras muertes de personas que dieron positivo en la prueba post mortem de Ómicron. [87]
En febrero de 2022, Omicron representaba el 98% de las secuencias genéticas disponibles públicamente en todo el mundo. [88]
El 29 de marzo de 2022, la subvariante BA.2 de Ómicron superó a BA.1 y se convirtió en la cepa dominante en los EE. UU. [89] [90] [91]
En mayo de 2022, la variante BA.2.12.1 se estaba propagando en los EE. UU. y dos nuevas subvariantes de Ómicron llamadas BA.4 y BA.5, detectadas por primera vez en enero de 2022, se propagaron en Sudáfrica. Las tres subvariantes tienen mutaciones de la proteína de la espícula de L452 y eluden la inmunidad de una infección previa con BA1. [92]
El 16 de marzo de 2023, al no observarse una reducción de la amenaza para la salud pública, la OMS dejó de clasificar a Ómicron como variante preocupante para mantener esta clasificación solo para nuevas amenazas. En su lugar, la OMS clasificó sus subvariantes como variantes de interés y bajo vigilancia. [88]
Reacciones
Productores de vacunas
El 26 de noviembre de 2021, BioNTech dijo que sabría en dos semanas si la vacuna actual es efectiva contra la variante y que una vacuna actualizada podría enviarse en 100 días si fuera necesario. AstraZeneca , Moderna y Johnson & Johnson también estaban estudiando el impacto de la variante en la efectividad de sus vacunas. [93] El mismo día, Novavax declaró que estaba desarrollando una vacuna actualizada que requería dos dosis para la variante Ómicron, que la compañía esperaba que estuviera lista para pruebas y fabricación en unas pocas semanas. [94] [95] El 29 de noviembre de 2021, el Instituto Gamaleya dijo que Sputnik Light debería ser efectiva contra la variante, que comenzaría a adaptar Sputnik V y que una versión modificada podría estar lista para la producción en masa en 45 días. [96] Sinovac dijo que podría producir rápidamente en masa una vacuna inactivada contra la variante y que estaba monitoreando los estudios y recolectando muestras de la variante para determinar si se necesita una nueva vacuna. [97]
El 7 de diciembre de 2021, en un simposio en Brasil con su socio Instituto Butantan , Sinovac dijo que actualizaría su vacuna a la nueva variante y la pondría a disposición en tres meses. [98] El 2 de diciembre, el Instituto Finlay ya estaba desarrollando una versión de Soberana Plus contra la variante. [99] Pfizer esperaba tener una vacuna dirigida a inmunizar contra Ómicron lista para marzo de 2022. [100]
Organización Mundial de la Salud
El 26 de noviembre de 2021, la OMS pidió a las naciones que mejoraran los esfuerzos de vigilancia y secuenciación, enviaran secuencias genómicas completas y metadatos asociados a una base de datos disponible públicamente, como GISAID , informaran los casos/grupos iniciales asociados con la infección por el virus de preocupación a la OMS a través del mecanismo del Reglamento Sanitario Internacional (RSI), cuando exista capacidad y en coordinación con la comunidad internacional, realizaran investigaciones de campo y evaluaciones de laboratorio para mejorar la comprensión de los posibles impactos del virus de preocupación en la epidemiología de la COVID-19, la gravedad y la eficacia de las medidas sociales y de salud pública, los métodos de diagnóstico, las respuestas inmunes, la neutralización de anticuerpos u otras características relevantes. [101]
El 26 de noviembre de 2021, la OMS aconsejó a los países que no impusieran nuevas restricciones a los viajes, y en su lugar recomendó un enfoque "basado en el riesgo y científico" para las medidas de viaje. [102] El mismo día, el Centro Europeo para la Prevención y el Control de Enfermedades (ECDC) informó de un modelo que indicaba que las estrictas restricciones de viaje retrasarían el impacto de la variante en los países europeos en dos semanas, lo que posiblemente permitiría a los países prepararse para ello. [103]
Al igual que con otras variantes, la OMS recomendó que las personas sigan manteniendo los espacios cerrados bien ventilados, eviten las aglomeraciones y el contacto cercano , usen mascarillas bien ajustadas, se laven las manos con frecuencia y se vacunen. [104] [105] El 29 de noviembre de 2021, la OMS dijo que se esperaban casos e infecciones entre los vacunados, aunque en una proporción pequeña y predecible. [106]
Respuesta internacional
Tras el anuncio de la OMS, el mismo día, varios países anunciaron prohibiciones de viajes desde el sur de África en respuesta a la identificación de la variante, entre ellos Estados Unidos , que prohibió los viajes desde ocho países africanos, [107] aunque hasta el 30 de noviembre de 2021, en particular, no prohibió los viajes desde ningún país europeo, Israel, Canadá o Australia, donde también se detectaron casos en el momento en que se anunciaron las prohibiciones. Otros países que también implementaron prohibiciones de viajes incluyen Japón, Canadá, la Unión Europea, Israel, Australia, el Reino Unido, Singapur, Malasia, Indonesia, Marruecos y Nueva Zelanda. [108] [109]
El 26 de noviembre de 2021, la Agencia Brasileña de Regulación Sanitaria recomendó restricciones de vuelo en relación con la nueva variante. [110] El estado de Nueva York declaró el estado de emergencia ante un posible pico de ómicron, aunque todavía no se habían detectado casos en el estado ni en el resto de los Estados Unidos. [111] El 27 de noviembre de 2021, Suiza introdujo pruebas obligatorias y cuarentena para todos los visitantes que llegaran de países donde se detectó la variante, que originalmente incluían a Bélgica e Israel. [112]
El 26 de noviembre de 2021, el ministro de Salud de Sudáfrica, Joe Phaahla , defendió la gestión de la pandemia por parte de su país y dijo que las prohibiciones de viaje iban en contra de las "normas y estándares" de la Organización Mundial de la Salud. [113]
Algunos especularon que las prohibiciones de viajes podrían tener un impacto significativo en la economía de Sudáfrica al limitar el turismo y podrían llevar a otros países con economías que dependen del turismo a ocultar el descubrimiento de nuevas variantes preocupantes. La baja cobertura de vacunación en las naciones menos desarrolladas podría crear oportunidades para la aparición de nuevas variantes, y estas naciones también estaban luchando por obtener propiedad intelectual para desarrollar y producir vacunas a nivel local. [114] Al mismo tiempo, la inoculación se había ralentizado en Sudáfrica debido a la vacilación y la apatía ante las vacunas, con una tasa de vacunación a nivel nacional de solo el 35% al 24 de noviembre de 2021. [115]
El 29 de noviembre de 2021, la OMS advirtió a los países que la variante plantea un riesgo mundial muy alto con graves consecuencias y que deberían prepararse acelerando la vacunación de los grupos de alta prioridad y fortaleciendo los sistemas de salud . El director general de la OMS, Tedros Adhanom, calificó la situación mundial de peligrosa y precaria y pidió un nuevo acuerdo sobre el manejo de las pandemias, ya que el sistema actual desincentiva a los países a alertar a otros sobre las amenazas que inevitablemente llegarán a sus costas. El director ejecutivo de CEPI, Richard Hatchett, dijo que la variante cumplía las predicciones de que la transmisión del virus en áreas con baja vacunación aceleraría su evolución. [106]
En preparación para la llegada de la variante ómicron a Estados Unidos, el presidente Joe Biden afirmó que la variante es “motivo de preocupación, no de pánico”, reiteró que el gobierno estaba preparado para la variante y la tendría bajo control y que los confinamientos a gran escala, similares a los de 2020 cerca del comienzo de la pandemia, estaban “fuera de la mesa por ahora”. [116]
En diciembre de 2021, varias provincias canadienses restablecieron restricciones a las reuniones y eventos como torneos deportivos, y endurecieron la aplicación de las órdenes de prueba de vacunación . Columbia Británica prohibió expresamente cualquier "evento organizado de Nochevieja" sin asientos, [117] [118] [119] mientras que Quebec anunció un confinamiento parcial el 20 de diciembre de 2021, ordenando el cierre de todos los bares, casinos, gimnasios, escuelas y teatros, además de imponer restricciones a la capacidad y el horario de funcionamiento de los restaurantes, y la prohibición de espectadores en eventos deportivos profesionales. [120]
El 18 de diciembre de 2021, el gobierno de los Países Bajos anunció un confinamiento destinado a evitar la propagación de la variante durante el período de vacaciones. [121]
En diciembre de 2021, algunos países acortaron el intervalo típico de seis meses para una dosis de refuerzo de la vacuna en preparación para una ola de ómicron, ya que dos dosis no son suficientes para detener la infección. El Reino Unido, Corea del Sur y Tailandia lo redujeron a tres meses; Bélgica, a cuatro meses; Francia, Singapur, Taiwán, Italia y Australia, a cinco meses. Finlandia lo redujo a tres meses para los grupos de riesgo. Otros países continuaron con un programa de refuerzo de seis meses. Si bien los niveles de anticuerpos comienzan a disminuir a los cuatro meses, un intervalo más largo generalmente permite que la respuesta del sistema inmunológico madure. [122]
Biología
La secuencia genómica de la variante Omicron se muestra arriba.
Mutaciones
En junio de 2022, Omicron tenía alrededor de 50 mutaciones en relación con la variante Wuhan-Hu-1 o B, [123] [124] que es más que cualquier variante anterior del SARS-CoV-2 . Treinta y dos de ellas pertenecían a la proteína de la espiga, a la que la mayoría de las vacunas se dirigen para neutralizar el virus. [125] En diciembre de 2021, muchas mutaciones eran nuevas y no se encontraron en variantes anteriores. [41] En abril de 2022, la variante se caracterizaba por 30 cambios de aminoácidos , tres pequeñas deleciones y una pequeña inserción en la proteína de la espiga en comparación con el virus original, de las cuales 15 se encuentran en el dominio de unión al receptor (residuos 319-541). [126] En diciembre de 2022, el virus presentaba una serie de cambios y deleciones en otras regiones genómicas. Por ejemplo, tres mutaciones en el sitio de escisión de la furina , que facilita su transmisión. [127] [128]
Ilustración de las ubicaciones de las mutaciones ómicron en la proteína de la espícula , vista superior (izquierda) y vista lateral (derecha), que muestra sustituciones de aminoácidos (amarillo), deleciones (rojo) e inserciones (verde). En esta estructura trimérica, dos monómeros (gris y azul claro) tienen sus dominios de unión al receptor en la conformación "hacia abajo", mientras que uno (azul oscuro) está en la conformación "hacia arriba" o "abierta". Datos de mutación de la OMS , [104] estructura de PDB : 6VYB . [129]
Comparación de la prevalencia de mutaciones en los genes ORF1a, ORF1b y S de los linajes ómicron que se designan como variantes de interés. Las mutaciones características de un linaje se definen como sustituciones o deleciones no sinónimas que ocurren en > 75% de las secuencias dentro de ese linaje. [130]
Subvariantes
Se han descubierto varias subvariantes de Ómicron y siguen surgiendo otras nuevas. [12] Hay 310 linajes de Pango [ aclaración necesaria ] actualmente asociados con la variante Ómicron. [131] El sublinaje "estándar" ahora se conoce como BA.1 (o B.1.1.529.1), y los otros dos sublinajes se conocen como BA.2 (o B.1.1.529.2) y BA.3 (o B.1.1.529.3). [132] En 2022, se detectaron BA.4 (o B.1.1.529.4) y BA.5 (o B.1.1.529.5) en varios países. [133] Comparten muchas mutaciones, pero también difieren significativamente. En general, BA.1 y BA.2 comparten 32 mutaciones, pero difieren en 28. [134] BA.1 a su vez se ha dividido en dos, el BA.1 original y BA.1.1 (o B.1.1.529.1.1) donde la principal diferencia es que este último tiene una mutación R346K. [135]
Las pruebas rápidas y de PCR estándar continúan detectando todas las subvariantes de Ómicron como COVID-19, pero se necesitan más pruebas para distinguir las subvariantes entre sí y de otras variantes de COVID-19. [136]
BA.2
La BA.2 se detectó por primera vez en una muestra del 15 de noviembre de 2021. [138] Una preimpresión publicada en febrero de 2022 (publicada en mayo) sugirió que la BA.2 era más transmisible que la BA.1 y podría causar una enfermedad más grave. [139] Esto fue refutado posteriormente por un estudio a fines de octubre de 2022, que encontró que la BA.2 en realidad causaba una enfermedad menos grave en relación con la BA.1 (que a su vez, causaba una enfermedad menos grave en comparación con la variante delta). [140] Los anticuerpos monoclonales terapéuticos utilizados para tratar a las personas infectadas con COVID-19 no tuvieron mucho efecto sobre la BA.2, que era "casi completamente resistente" a casirivimab e imdevimab, y 35 veces más resistente a sotrovimab que la subvariante BA.1. [ cita requerida ]
Desparramar
Hasta el 17 de enero de 2022, se había detectado BA.2 en al menos 40 países y en todos los continentes excepto la Antártida. [141] Para el 31 de enero, se había detectado en al menos 57 países. [142] En las muestras globales recolectadas del 4 de febrero al 5 de marzo y cargadas en GISAID , BA.2 representó c. 34%, en comparación con el 41% para BA.1.1, el 25% para BA.1 y menos del 1% para BA.3. [143] En una revisión dos semanas después, que abarcó del 16 de febrero al 17 de marzo, BA.2 se había convertido en el más frecuente. [144] [145] Según las cargas de GISAID, BA.1 alcanzó su punto máximo en enero de 2022, después de lo cual fue superado tanto por BA.1.1 como por BA.2. [146] En América del Norte, partes de Europa y partes de Asia, BA.1 fue superado por primera vez por BA.1.1. Por ejemplo, en Estados Unidos, Francia y Japón, BA.1.1 se convirtió en la subvariante dominante en enero de 2022. [147] [148] [149]
En diciembre de 2021/enero de 2022, la variante BA.2 se había vuelto dominante en partes de la India (ya representaba casi el 80 por ciento en Calcuta en diciembre de 2021 [150] ) y Filipinas, se había vuelto frecuente en Escandinavia, Sudáfrica y Singapur, y estaba mostrando signos de crecimiento en Alemania y el Reino Unido. [151] [152] [153] [154] En Japón, que tiene cuarentena y detección detallada de todos los viajeros internacionales, hasta el 24 de enero, la gran mayoría de la variante BA.2 se había detectado en personas que habían llegado de la India o Filipinas con casos que se remontaban al menos al 1 de diciembre de 2021 (se detectaron muchas menos variantes BA.1 u otras entre las llegadas de los dos países en ese período), pero también se habían detectado pequeñas cantidades en personas que llegaban de otros países. [155] [156] [157]
En Dinamarca, la primera BA.2 se encontró en una muestra recogida el 5 de diciembre de 2021. [158] En la semana cincuenta (del 13 al 19 de diciembre) había comenzado a aumentar, y BA.2 representaba alrededor del 2 por ciento de los casos secuenciados en comparación con el 46 por ciento de BA.1 (Delta restante). La frecuencia de ambas subvariantes ómicron continuó aumentando durante la última mitad de diciembre; y para fines de año, BA.2 había alcanzado el 20 por ciento y BA.1 alcanzó un máximo del 72 por ciento. En enero de 2022, BA.1 comenzó a disminuir, mientras que BA.2 continuó aumentando. Para la segunda semana de 2022, la frecuencia de los dos era casi igual, ambos cerca del 50 por ciento. [158] En la semana siguiente, BA.2 se volvió claramente dominante en Dinamarca con el 65 por ciento de los casos nuevos. [159] Las tendencias de los otros países escandinavos, India, Sudáfrica y el Reino Unido también mostraron que BA.2 estaba aumentando en proporción a BA.1. [160] [161] En febrero de 2022, se había convertido en la subvariante dominante en Sudáfrica, en febrero se había convertido en dominante en Alemania y en marzo se había convertido en dominante en el Reino Unido. [162] [163] [164] En marzo, BA.1.1 seguía siendo muy dominante en los Estados Unidos (habiendo superado a BA.1 en enero), pero BA.2 estaba aumentando en frecuencia y luego se convirtió en dominante en los EE. UU. el 29 de marzo. [147] [165]
XE
En enero de 2022 se aisló en el Reino Unido un nuevo recombinante BA.1–BA.2, denominado recombinante «XE». La OMS determinó que era potencialmente un 10 % más transmisible que el BA.2, lo que lo hacía entre un 43 % y un 76 % más transmisible que el BA.1, y que el recombinante XE era la variante más contagiosa identificada en ese momento. [166]
BA.2.12
Se detectaron dos nuevas subvariantes BA.2 en el estado estadounidense de Nueva York , que son BA.2.12 (o B.1.1.529.2.12) y BA.2.12.1 (o B.1.1.529.2.12.1), ambas con una importante ventaja de crecimiento del 23-27 % sobre BA.2 y que contribuyen a un aumento de las infecciones en el centro de Nueva York, centrado en Siracusa y el lago Ontario , que luego se volvió dominante el 24 de mayo de 2022 en los EE. UU. [167].
BA.2.75 y BA.2.75.2
La subvariante BA.2.75 (o B.1.1.529.2.75, apodada Centaurus por los medios [168] ), detectada por primera vez en la India en mayo de 2022, fue clasificada como variante bajo seguimiento por la OMS. [169] Otras mutaciones más nuevas en esta línea (como BA.2.75.2, también conocida como B.1.1.529.2.75.2 o Chiron ) pueden ser capaces de escapar de los anticuerpos neutralizantes. [170]
XBB y XBB.1
XBB, un recombinante de los sublinajes BA.2.10.1.1 y BA.2.75.3.1.1.1, [171] es una subvariante de Ómicron detectada por primera vez en agosto de 2022. [172]
El 20 de octubre de 2022, la científica jefa de la Organización Mundial de la Salud (OMS), Soumya Swaminathan, advirtió que la subvariante XBB de Ómicron puede causar infecciones en algunos países, mientras que aún se desconoce la gravedad de las nuevas variantes. [173]
El 9 de enero de 2023, el CDC europeo afirmó que había pruebas sugestivas de que la variante XBB.1.5 tenía una ventaja de crecimiento; después de volverse dominante en los EE. UU., podría volverse dominante en Europa en los meses siguientes. [174] A partir de pruebas preliminares, habían evaluado que las variantes XBB no tenían efecto sobre la gravedad y la transmisibilidad de la enfermedad. [175]
En marzo de 2023, XBB.1.16 apareció por primera vez en India y provocó un aumento de hospitalizaciones. [176] T. Ryan Gregory lo apodó Arcturus . [176] [177] [178]
EG.5 y EG.5.1
EG.5 (o XBB.1.9.2.5), apodada por algunos medios "Eris", [179] es descendiente de XBB.1.9.2. El linaje se detectó ya en febrero de 2023. [180] El 6 de agosto, la Agencia de Seguridad Sanitaria del Reino Unido informó que la cepa EG.5 era responsable de uno de cada siete casos nuevos en el Reino Unido durante la tercera semana de julio. [181] La OMS la identificó como una "variante de interés" el 9 de agosto de 2023. Su diferencia clave con otras cepas es una "mutación del aminoácido F456L". [182]
HV.1
HV.1 (o XBB.1.9.2.5.1.6.1) es un sublinaje de XBB.1.9.2, de la familia Omicron detectada por primera vez en julio de 2023.
En octubre de 2023, la HV.1 superó a la EG.5 como subvariante dominante en los EE. UU. [183] En octubre, los expertos declararon que no había evidencia de que la HV.1 fuera más grave o transmisible que otras subvariantes de ómicron. [184]
BA.2.86
BA.2.86 es una subvariante ómicron del SARS-CoV-2 , el virus que causa la COVID-19 . BA.2.86 se destaca por tener más de treinta mutaciones en su proteína de pico en relación con BA.2 . [185] La subvariante , que se detectó por primera vez en una muestra del 24 de julio de 2023, [186] es preocupante debido a que ha dado un salto evolutivo a la par del salto evolutivo que había dado la variante ómicron original en relación con Wuhan-Hu-1, la cepa de referencia secuenciada por primera vez en Wuhan en diciembre de 2019. [187] [188] [189] [190] Es una mutación de BA.2 , en sí misma una mutación muy temprana en la familia ómicron. [188] La variante BA.2.86 fue designada como una variante bajo vigilancia por la Organización Mundial de la Salud el 17 de agosto de 2023. [191] Los medios de comunicación apodaron a la variante Pirola, aunque ninguna fuente oficial utiliza este nombre. [192] Su descendiente JN.1 (BA.2.86.1.1) se convirtió en el linaje dominante en el invierno de 2023/2024. [193] [194]
BA.4 y BA.5
En abril de 2022, la OMS anunció que estaba rastreando las subvariantes BA.4 y BA.5, y que la BA.4 se había detectado en Sudáfrica, Botsuana, Dinamarca, Escocia e Inglaterra. [195] Los primeros indicios de los datos recopilados en Sudáfrica sugirieron que BA.4 y BA.5 tienen una ventaja de crecimiento significativa sobre BA.2, que para el 12 de mayo obtuvo el estatus de Variante de Preocupación por el Centro Europeo para la Prevención y el Control de Enfermedades y, para el 20 de mayo, por la Agencia de Seguridad Sanitaria del Reino Unido . [196] [197] [198] [199] BA.5 era dominante en Portugal el 25 de mayo, representando dos tercios de todos los casos nuevos allí. [200] Para el 24 de junio, BA.4 y BA.5 juntas se habían convertido en variantes dominantes en el Reino Unido y Alemania. [201] [202] [203] [204] Estas dos subvariantes se volvieron dominantes en los Estados Unidos el 28 de junio. [205] [206] En junio, BA.5 se convirtió en la subvariante dominante en Francia , con un 59% de los casos nuevos vinculados a ella. [207] [208]
En mayo de 2022, se informó de un caso de una nueva subvariante BA.5.2.1 en California. [209] El 10 de julio, la ciudad de Shanghái notificó su primer caso de BA.5.2.1, en un hombre que había volado desde Uganda, lo que desencadenó una nueva ola de pruebas. [210] El 22 de julio, la provincia de Ontario, Canadá, anunció que la subvariante BA.5.2.1 superó a la BA.2.12.1 como la principal variante en circulación en Ontario alrededor del 2 de julio. [211] Regeneron informa que BA.5.2.1 es la principal variante en Australia, Bélgica, Brunei, Grecia e Islandia. [212] El gobierno de Canadá también informó en junio y julio que, de los viajeros que llegaron por vía aérea y dieron positivo en la prueba de COVID-19, una proporción sustancial eran BA.5.2.1. [213] BF.7 es una versión abreviada del nombre completo de la subvariante, que es BA.5.2.1.7. Esta subvariante es parte de la variante BA.5 de Omicron, que tuvo el mayor número de casos reportados a nivel mundial, representando el 76,2% de todos los casos. [214]
BQ.1 y BQ.1.1
En octubre de 2022, se encontraron dos subvariantes de BA.5: BQ.1 (o B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1) y BQ.1.1 (o B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1). [215] [216] [217] Las variantes fueron originalmente más prevalentes en Francia. [218] Al 17 de noviembre, el 93% de las secuencias en Francia eran del sublinaje ómicron BA.5 y, entre los sublinajes BA.5, BQ.1.1 siguió aumentando (32% frente al 25% de la semana anterior). [219] En noviembre de 2022, en los EE. UU. se informó que las variantes representaban el 44% de las nuevas infecciones. Las primeras pruebas de laboratorio encontraron que estas subvariantes eran mejores para escapar de las primeras vacunas y las vacunas de refuerzo que las variantes anteriores. [220]
Subvariantes posteriores
A finales de abril de 2024, los datos de los CDC mostraron que la KP.2 era la variante más común en EE. UU., con una cuarta parte de todos los casos, justo por delante de la JN.1. La KP1.1 representaba el 7 por ciento de los casos en EE. UU. [221] A estas dos a veces se las denomina variantes "FLiRT" porque se caracterizan por una mutación de fenilalanina (F) a leucina (L) y una mutación de arginina (R) a treonina (T) en la proteína de la espiga del virus. [222] En julio de 2024, un descendiente de la KP.2 con un cambio de aminoácido adicional en la proteína de la espiga, Q493E, recibió los nombres de KP.3 e, informalmente, "FLuQE", y se convirtió en una variante importante en Nueva Gales del Sur durante el invierno australiano. Las investigaciones iniciales sugirieron que el cambio de Q493E podría ayudar a que la KP.3 fuera más eficaz para unirse a las células humanas que la KP.2. [223]
Se espera que a partir de septiembre de 2024, la XEC, detectada por primera vez en Alemania, sea la próxima variante importante. La XEC es una recombinación de dos subvariantes: KS.1.1 y KP.3.3. Solo se han detectado unos pocos casos en los Estados Unidos [224] , pero se informa que tiene una ligera ventaja sobre otras variantes en términos de transmisibilidad [225] .
En enero de 2022, William Schaffner , profesor de enfermedades infecciosas en el Centro Médico de la Universidad de Vanderbilt, comparó la contagiosidad de la variante Ómicron con la del sarampión . [226]
El 15 de diciembre de 2021, Jenny Harries, directora de la Agencia de Seguridad Sanitaria del Reino Unido, dijo a un comité parlamentario que el tiempo de duplicación de la COVID-19 en la mayoría de las regiones del Reino Unido era ahora inferior a dos días a pesar de la alta tasa de vacunación del país. Dijo que la variante ómicron de la COVID-19 es "probablemente la amenaza más importante desde el inicio de la pandemia", y que el número de casos en los próximos días sería "bastante asombroso en comparación con la tasa de crecimiento que hemos visto en los casos de variantes anteriores". [227]
Un estudio de 2021 sugirió que las mutaciones que promueven infecciones irruptivas o resistencia a los anticuerpos "como las de Ómicron" podrían ser un nuevo mecanismo para el éxito de la evolución viral del SARS-CoV-2 y que este puede convertirse en un mecanismo dominante de su evolución. [228] Una preimpresión respalda dicha explicación de la propagación de Ómicron, sugiriendo que "principalmente puede atribuirse a la evasión inmunológica en lugar de un aumento inherente en la transmisibilidad básica ". [229] [230] Los estudios mostraron que la variante escapa a la mayoría de los anticuerpos neutralizantes del SARS-CoV-2 existentes, incluidos los del suero de individuos vacunados y convalecientes. [231] [232] [233] [234] Sin embargo, se esperaba que las vacunas existentes protegieran contra enfermedades graves, hospitalizaciones y muertes debido a Ómicron [235] y, a nivel individual, la variante Ómicron es más leve que las variantes anteriores que evolucionaron cuando la proporción de anticuerpos/vacunación era menor que cuando surgió Ómicron. [236]
A diferencia de otras variantes investigadas, Omicron mostró una evasión sustancial, a nivel poblacional, de la inmunidad de una infección previa, así como una mayor capacidad para evadir la inmunidad inducida por las vacunas. [237] Otras investigaciones encontraron que la propagación de Omicron puede contribuir a una inmunidad natural significativa a la reinfección. [238] [ dudoso – discutir ]
Aunque la transmisión a través de fómites es poco frecuente, los datos preliminares indican que la variante dura 194 horas en superficies de plástico y 21 horas en la piel, en comparación con solo 56 y 7 horas, respectivamente, para la cepa original. [240] [241]
Eficacia de la vacuna
Las vacunas de ARNm de Pfizer-BioNTech (BNT162b2) y Moderna (mRNA-1273) brindan una protección reducida contra la enfermedad asintomática, pero reducen el riesgo de enfermedad grave. [242] [243] [244] El 22 de diciembre de 2021, el Equipo de Respuesta COVID-19 del Imperial College informó sobre41% ( IC del 95% ,37 –45% ) menor riesgo de hospitalización que requiera una estadía de al menos 1 noche en comparación con la variante Delta, y que los datos sugirieron que los receptores de 2 dosis de la vacuna Pfizer-BioNTech , Moderna u Oxford-AstraZeneca estaban sustancialmente protegidos de la hospitalización. [245] En enero de 2022, los resultados de Israel sugirieron que una cuarta dosis es solo parcialmente efectiva contra Ómicron. Muchos casos de infección se produjeron, aunque "un poco menos que en el grupo de control", a pesar de que los participantes del ensayo tenían niveles de anticuerpos más altos después de la cuarta dosis. [246] El 23 de diciembre de 2021, Nature indica que, aunque es probable que Ómicron debilite la protección de la vacuna, se puede mantener una efectividad razonable contra Ómicron con los enfoques de vacunación y refuerzo actualmente disponibles. [247] [248]
En diciembre, estudios, algunos de los cuales utilizaron grandes conjuntos de datos nacionales de Israel y Dinamarca, encontraron que la efectividad de las vacunas múltiples comunes de dos dosis contra la COVID-19 es sustancialmente menor contra la variante ómicron que para otras variantes comunes, incluida la variante delta , y que se necesita una nueva dosis (a menudo una tercera) -una dosis de refuerzo- y es efectiva, ya que reduce sustancialmente las muertes por la enfermedad en comparación con las cohortes que no recibieron ninguna dosis de refuerzo sino dos dosis. [249] [250] [251] [252] [253] [254]
El profesor Paul Morgan, inmunólogo de la Universidad de Cardiff , afirma que " creo que el resultado más probable es una atenuación de la inmunidad, en lugar de una pérdida total. El virus no puede perder todos los epítopos de su superficie, porque si lo hiciera, la proteína de la espícula ya no podría funcionar. Por lo tanto, aunque algunos de los anticuerpos y clones de células T creados contra versiones anteriores del virus o contra las vacunas pueden no ser eficaces, habrá otros que seguirán siendo eficaces. (...) Si la mitad, o dos tercios, o lo que sea, de la respuesta inmunitaria no va a ser eficaz y queda la mitad residual, cuanto más se potencie, mejor ". [255] El profesor Francois Balloux del Instituto de Genética del University College de Londres dijo: " De lo que hemos aprendido hasta ahora, podemos estar bastante seguros de que, en comparación con otras variantes, Omicron tiende a ser más capaz de reinfectar a las personas que han sido infectadas previamente y recibieron cierta protección contra COVID-19. Esto es bastante claro y se anticipó a partir de los cambios mutacionales que hemos identificado en su estructura proteica. Estos hacen que sea más difícil para los anticuerpos neutralizar el virus ". [256]
BA.1 y BA.2
Un estudio de enero de 2022 de la Agencia de Seguridad Sanitaria del Reino Unido concluyó que las vacunas ofrecían niveles similares de protección contra la enfermedad sintomática según BA.1 y BA.2, y en ambas era considerablemente mayor después de dos dosis y un refuerzo que después de dos dosis sin refuerzo, [257] [258] aunque debido al efecto gradualmente menguante de las vacunas, puede ser necesaria una mayor vacunación de refuerzo más adelante. [164]
BA.4 y BA.5
En mayo de 2022, una preimpresión indicó que las subvariantes ómicron BA.4 y BA.5 podrían causar una gran parte de las reinfecciones por COVID-19 , más allá del aumento de las reinfecciones causadas por el linaje ómicron, incluso para las personas que fueron infectadas por ómicron BA.1 debido al aumento de la evasión inmunitaria, especialmente para los no vacunados. Sin embargo, el escape observado de BA.4 y BA.5 de la inmunidad por una infección BA.1 es más moderado que el de BA.1 frente a casos previos de inmunidad estudiados (como la inmunidad de vacunas específicas). [259] [260]
Se encontró que la inmunidad a una infección ómicron en personas no vacunadas y no infectadas previamente era débil "contra variantes no ómicron", [261] aunque en ese momento ómicron es, por un amplio margen, la variante dominante en los casos humanos secuenciados. [262]
BQ.1 y BQ.1.1
En 2022 se descubrió que las subvariantes BQ.1 y BQ.1.1 eran más eficaces que las variantes anteriores para evadir las primeras vacunas y las vacunas de refuerzo, y que habían reducido aún más la eficacia de los tratamientos con anticuerpos monoclonales. [263]
Ajustes de la vacuna
En junio de 2022, Pfizer y Moderna desarrollaron vacunas bivalentes para proteger contra el SARS-CoV-2 de tipo salvaje y la variante ómicron. Las vacunas bivalentes son bien toleradas y ofrecen una inmunidad a la ómicron superior a las vacunas de ARNm anteriores. [264] En septiembre de 2022, la Administración de Alimentos y Medicamentos de los Estados Unidos (FDA) autorizó las vacunas bivalentes. [265] [266] [267]
En junio de 2023, la FDA recomendó a los fabricantes que la formulación 2023-2024 de las vacunas contra la COVID-19 para su uso en los EE. UU. se actualizara para que fuera una vacuna monovalente contra la COVID-19 que utilizara el linaje XBB.1.5 de la variante Ómicron. [268] [269] En junio de 2024, la FDA recomendó a los fabricantes que la formulación 2024-2025 de las vacunas contra la COVID-19 para su uso en los EE. UU. se actualizara para que fuera una vacuna monovalente contra la COVID-19 que utilizara el linaje JN.1. [270]
Signos y síntomas
La pérdida del gusto y el olfato parece ser poco común en comparación con otras cepas. [5] [6] Un síntoma único reportado de la variante Ómicron son los sudores nocturnos , [7] [271] particularmente con la subvariante BA.5. [272] [273] Un estudio realizado entre el 1 y el 7 de diciembre de 2021 por el Centro para el Control de Enfermedades encontró que: "Los síntomas reportados con más frecuencia [fueron] tos, fatiga y congestión o secreción nasal", lo que dificulta la distinción de una variante menos dañina u otro virus. [274] Una investigación publicada en Londres el 25 de diciembre de 2021 sugirió que los síntomas más frecuentes declarados por los usuarios de la aplicación Zoe Covid fueron "secreción nasal, dolores de cabeza, fatiga, estornudos y dolor de garganta". [4]
Un estudio observacional de casos y controles británico Omicron hasta marzo de 2022 mostró una reducción en las probabilidades de COVID prolongada con la variante Omicron frente a la variante Delta de 0,24 a 0,5 según la edad y el tiempo transcurrido desde la vacunación. [275]
Virulencia
Al 6 de enero de 2022, la variante ómicron se multiplicó alrededor de 70 veces más rápido que la variante delta en los bronquios ( vías respiratorias pulmonares ), pero la evidencia sugirió que es menos grave que las variantes anteriores, especialmente en comparación con la delta, [276] [236] ya que podría ser menos capaz de penetrar el tejido pulmonar profundo. [277] A enero de 2022, en el sur de California, las infecciones fueron un 91 por ciento menos fatales que la variante delta, con un 51 por ciento menos de riesgo de hospitalización. [278] Sin embargo, la diferencia estimada en el riesgo intrínseco de hospitalización en Inglaterra disminuyó en gran medida a 0-30 por ciento, cuando se excluyeron las reinfecciones. [279]
Al 21 de enero de 2022, el riesgo de hospitalización era el mismo en BA.1 y BA.2 según revisiones de Dinamarca, India, Sudáfrica y el Reino Unido. [280] [143] [159] [281] Los estudios noruegos mostraron que la cantidad de virus en las vías respiratorias superiores era similar en las personas infectadas con BA.1 y BA.2. [161]
Diagnóstico
A partir de noviembre de 2021, la posibilidad de detectar un caso de ómicron dependía particularmente de la tasa de secuenciación de un país: Sudáfrica secuenciaba muchas más muestras que cualquier otro país de África, pero a una tasa considerablemente menor que la mayoría de las naciones occidentales. [282] [283] La secuenciación del virus a partir de una muestra puede llevar semanas, lo que limita la disponibilidad temprana de datos. [284]
En enero de 2022, la agencia reguladora de medicamentos y terapias, la Administración de Productos Terapéuticos (TGA) del Gobierno australiano, solo había probado una de sus 23 pruebas rápidas de antígenos (RAT) de COVID-19 aprobadas para verificar que detectaba Ómicron. [285] La TGA luego actualizó su lista aprobada para mostrar que todas las RAT que detectaron otras variantes podrían detectar infecciones por Ómicron. [286] En junio de 2022, el Instituto Paul-Ehrlich federal alemán publicó sus hallazgos, que la mayoría de las RAT detectaron la variante Ómicron. [287]
Prueba de PCR
En diciembre de 2021, la FDA de EE. UU. publicó pautas sobre cómo las pruebas de PCR se verían afectadas por Omicron. [288] Las pruebas que detectan múltiples dianas genéticas debían seguir identificando al sujeto de prueba como positivo para COVID-19. La pérdida del gen S o la falla de la diana se propuso como una forma abreviada de diferenciar Omicron de Delta, además de la secuenciación y la genotipificación. [289]
A partir de diciembre de 2021, Dinamarca y Noruega han considerado que los casos detectados mediante su prueba de PCR cuantitativa de variantes, que es relativamente rápida y verifica varios genes, [290] son suficientes para contabilizarlos como ómicron, antes de la secuenciación completa. [291] [292]
Diferencias entre BA.1 y BA.2
A partir del 7 de diciembre de 2021 se sabía que BA.2, a diferencia de BA.1, carece de la característica falla del objetivo del gen S (SGTF) que causa la deleción (Δ69-70), por la cual muchas pruebas de qPCR han podido detectar rápidamente un caso como una variante Ómicron (o Alfa), de la variante Delta previamente dominante . [293] [294] Por lo tanto, los países que dependen principalmente de SGTF para la detección pueden pasar por alto BA.2, [293] y las autoridades británicas consideran que SGTF por sí solo es insuficiente para monitorear la propagación de Ómicron. [280] Esto ha dado lugar a que se le haya apodado 'Omicron sigiloso', [280] pero debido a que BA.2 todavía se puede separar de otras variantes a través de la secuenciación completa normal, o verificaciones de ciertas otras mutaciones, el apodo no es del todo preciso. [134] [295] A partir de enero de 2022, algunos países, como Dinamarca y Japón, han estado utilizando una qPCR variante que prueba varias mutaciones, incluida L452R . [290] [155] También puede distinguir Delta, que tiene L452R, [296] y todas las subvariantes de Ómicron, que no tienen L452R. [297] [141] A medida que Ómicron se volvió dominante y la variante Delta se volvió rara en 2022, se descubrió que la mutación SGTF que había hecho que Delta y BA.2 fueran similares en las pruebas de qPCR era útil para separar BA.1 y BA.2 entre sí. [298]
En relación con los tratamientos con anticuerpos monoclonales (mAbs), se están realizando pruebas e investigaciones similares. Los datos preclínicos sobre datos de virus pseudotipados in vitro demuestran que algunos mAb diseñados para utilizar epítopos altamente conservados conservan la actividad neutralizante contra mutaciones clave de sustituciones de ómicron. [301]
Resultados similares se confirman mediante microscopía crioelectrónica y datos de rayos X, que también proporcionan el enfoque estructural y la base molecular para la evasión de la inmunidad humoral exhibida por el cambio antigénico de ómicron, así como la importancia de apuntar a epítopos conservados para el diseño de vacunas y terapias. Mientras que 7 mAb clínicos o cócteles de mAb experimentaron una pérdida de actividad neutralizante de 1-2 órdenes de magnitud o más en relación con el virus prototípico, el mAb S309, el mAb original de sotrovimab , neutralizó a ómicron con una potencia reducida solo 2-3 veces. [302]
En diciembre de 2021, la mayoría de los anticuerpos monoclonales habían perdido la actividad neutralizante in vitro contra Ómicron, y solo 3 de los 29 mAb examinados en otro estudio conservaron su potencia inalterada. Además, una fracción de los mAb ampliamente neutralizantes contra el sarbecovirus neutralizaron Ómicron mediante el reconocimiento de sitios antigénicos fuera del RBM, incluidos sotrovimab (VIR-7831), S2X259 y S2H97. [303] Sin embargo, el sotrovimab no fue completamente activo contra el sublinaje BA.2 de Ómicron, y en marzo de 2022 la oficina del Subsecretario de Preparación y Respuesta (ASPR) de los EE. UU. dejó de distribuir el tratamiento con anticuerpos a los estados donde BA.2 era dominante. [304]
Los datos de febrero de 2022 sugirieron que Ómicron causó una evasión inmunitaria humoral significativa, mientras que los anticuerpos neutralizantes dirigidos a la región conservada del sarbecovirus siguieron siendo los más efectivos. [305]
Epidemiología
El 26 de noviembre de 2021, el Instituto Nacional de Enfermedades Transmisibles de Sudáfrica anunció que 30.904 pruebas de COVID-19 (en un día) detectaron 2.828 nuevas infecciones por COVID-19 (una tasa de positividad del 9,2%). [306]
Una semana después, el 3 de diciembre de 2021, el NICD anunció que 65.990 pruebas de COVID-19 habían encontrado 16.055 nuevas infecciones (5,7 veces más que siete días antes; tasa de positividad del 24,3%) y que el 72 por ciento de ellas se encontraron en Gauteng . [307] [308]
Esta provincia de Sudáfrica está densamente poblada con unos 850 habitantes por km 2 . La capital de Gauteng, Johannesburgo, es una megaciudad (unos 5,5 millones de habitantes en la propia ciudad más 9,5 millones en la región urbana). [ cita requerida ]
En noviembre de 2021, la transmisibilidad de la variante Ómicron, en comparación con la variante Delta u otras variantes del virus COVID-19, aún era incierta. [299] La variante Ómicron con frecuencia puede infectar a personas que previamente dieron positivo a COVID-19. [309] [310]
Se ha estimado que la variante Ómicron divergió en septiembre u octubre de 2021, basándose en comparaciones del genoma Ómicron. [311]
Los datos de secuenciación sugieren que Ómicron se había convertido en la variante dominante en Sudáfrica en noviembre de 2021, el mismo mes en el que se había identificado por primera vez en el país. [312] [313]
La filogenia sugiere una aparición reciente. Los datos de Sudáfrica sugieren que Omicron tiene una marcada ventaja de crecimiento allí. Sin embargo, esto puede deberse a la transmisibilidad o al escape inmunológico, o a ambos". [314] El intervalo serial también juega un papel en el crecimiento.
Se observaron cambios detectables en los niveles de COVID-19 en muestras de aguas residuales de la provincia de Gauteng de Sudáfrica ya entre el 17 y el 23 de octubre (semana 42). [315] El Instituto Nacional de Enfermedades Transmisibles informa que los niños menores de 2 años representan el 10% del total de admisiones hospitalarias en el punto de descubrimiento de Omicron, Tshwane, en Sudáfrica. [316] Los datos sobre la falla del objetivo del gen S (SGTF) de los casos muestreados en Sudáfrica indican un crecimiento del 21% por día en relación con Delta, lo que genera un aumento del número de reproducción en un factor de 2,4. [a] Omicron se convirtió en la cepa mayoritaria en Sudáfrica alrededor del 10 de noviembre. [317] [318] Otro análisis mostró un crecimiento del 32% por día en Gauteng, Sudáfrica, habiéndose vuelto dominante allí alrededor del 6 de noviembre. [319]
En el Reino Unido, la tasa de crecimiento logarítmico de los casos de fallo del gen S asociado a ómicron (SGTF) sobre los casos de diana del gen S positiva (SGTP) se estimó en 0,37 por día, [b] lo cual es excepcionalmente alto. [320] Además, para el 14 de diciembre parece haberse convertido en la cepa más dominante. [c] [321] Sin presumir un cambio de comportamiento en respuesta a la variante, se proyecta un millón de infecciones por día para el 24 de diciembre para un tiempo de duplicación de 2,5 días. [d] [289] En Dinamarca, la tasa de crecimiento ha sido aproximadamente similar con un tiempo de duplicación de alrededor de 2-3 días, habiéndose convertido en la cepa más prevalente el 17 de diciembre. [322] [323] [324] Suiza no se queda atrás. [325] En Alemania, ómicron se convirtió en la variante más prevalente el 1 de enero. [326] En Escocia, ómicron aparentemente se convirtió en la variante más prevalente el 17 de diciembre. [327] [328] En la provincia canadiense de Ontario se convirtió en la cepa más prevalente el 13 de diciembre. [329] En los EE. UU., la variante parece haberse convertido en la cepa más prevalente el 18 de diciembre, creciendo a un ritmo de 0,24 por día. [330] En Portugal, Omicron había alcanzado el 61,5% de los casos el 22 de diciembre. [331] En Bélgica, la cepa se convirtió en la más prevalente el 25 de diciembre, [332] y en los Países Bajos el 28 de diciembre. [333] En Italia, había alcanzado el 28% de los casos el 20 de diciembre y se duplicaba cada dos días, [334] mientras que se convirtió en la variante dominante en Noruega el 25 de diciembre. [335] En Francia, representó alrededor del 15% de los casos de COVID-19 en diciembre, pero alrededor del 27 de diciembre había aumentado a más del 60%. [336] [337] Los investigadores recomiendan muestrear al menos el 5% de las muestras de pacientes con COVID-19 para detectar variantes ómicron u otras variantes emergentes. [338]
Durante enero de 2022, en Dinamarca, la variante BA.2 creció a un ritmo de ~0,10 por día (+11 % por día) en relación con BA.1 (la variante heredada Ómicron), y se convirtió en la cepa dominante en la semana 2 de 2022. [158] En el Reino Unido, la variante BA.2 crecía a un ritmo de ~0,11 por día (+12 % por día) en relación con BA.1. [339]
El 13 de enero de 2022, la BBC informó que la tasa de hospitalización era más alta en Estados Unidos y Canadá que en Europa y Sudáfrica. Esto se atribuyó a una combinación de un mayor número de personas mayores que en Sudáfrica, una mayor prevalencia de comorbilidades como la hipertensión y la obesidad que en Europa, una mayor transmisión en interiores debido al invierno, una menor tasa de vacunación en Estados Unidos que en Europa y Canadá, y una posible prevalencia aún alta de la variante Delta , que conduce con mayor frecuencia a la hospitalización. [340]
Sikhulile Moyo , científico que descubrió el ómicron del SARS-CoV-2
Notas
^ Con un intervalo serial de persona a persona presuntamente idéntico de log e (2,4)/0,21 ~ 4,2 días, o una distribución del mismo con el mismo efecto.
^ La tasa de crecimiento logarítmico de 0,37/día significa que las probabilidades logarítmicas log e (SGTF/SGTP) aumentan en 0,37 en un día. Por lo tanto, SGTF/SGTP aumentaba en un factor multiplicativo de exp(0,37) ~ 1,45. Esto es sustancialmente mayor que un aumento ingenuo de 100%+37%. La diferencia se debe matemáticamente al crecimiento compuesto dentro del día, lo que no implica que las personas epidémicamente ya sean infecciosas en un día. En cambio, se utilizan ecuaciones diferenciales simplificadas (sin demora) para mayor comodidad para el modelado. Esto también indica un tiempo de duplicación de log e (2)/(0,37/día) ~ 1. días para la relación de prevalencia de Ómicron a Delta.
^ En referencia a la referencia 12, donde el eje x se cruza en el 14 de diciembre.
^ Un tiempo de duplicación de 2,5 días corresponde a una tasa de crecimiento exponencial de ln(2)/(2,5 días) ~ 0,28/día. La comparación directa con la tasa de crecimiento logístico debe tener en cuenta el crecimiento/declive de Delta.
Referencias
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Enlaces externos
Scholia tiene un perfil de enfermedad para la variante ómicron del SARS-CoV-2 .
Wikimedia Commons alberga una categoría multimedia sobre Linaje B.1.1.529 del SARS-CoV-2 .
Vídeo archivado:
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