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Ewan Birney

John Frederick William Birney (conocido como Ewan Birney) CBE FRS FMedSci [19] [20] (nacido el 6 de diciembre de 1972) [21] [11] [13] [14] es codirector del Instituto Europeo de Bioinformática del EMBL (EMBL-EBI), [22] [23] [24] en Hinxton , Cambridgeshire y subdirector general del Laboratorio Europeo de Biología Molecular (EMBL). [25] También se desempeña como director no ejecutivo de Genomics England , [26] presidente de la Alianza Global para Genómica y Salud (GA4GH) [27] [28] y profesor honorario de bioinformática en la Universidad de Cambridge . [29] Birney ha realizado importantes contribuciones a la genómica , a través de su desarrollo de innovadoras herramientas de bioinformática y biología computacional . [1] Anteriormente se desempeñó como miembro asociado de la facultad en el Wellcome Trust Sanger Institute . [30]

Educación

Birney recibió una educación privada en el Eton College como becario Oppidan . [13] [31] Antes de ir a la universidad, Birney completó una pasantía de un año sabático en el Laboratorio Cold Spring Harbor supervisado por James Watson [14] [32] y Adrian Krainer . [32] [33] [34]

Birney completó su Licenciatura en Artes en Bioquímica en la Universidad de Oxford en 1996, donde fue estudiante de pregrado en Balliol College, Oxford . [13] [14] [35] Completó su doctorado en el Instituto Sanger , supervisado por Richard Durbin [6] mientras era estudiante de posgrado en St John's College, Cambridge . [36] Su investigación doctoral utilizó programación dinámica , [37] máquinas de estados finitos y autómatas probabilísticos para la alineación de secuencias . [6]

Mientras era estudiante realizó pasantías en la oficina del alcalde de Baltimore y también en servicios financieros sobre valoración de opciones para el Swiss Bank Corporation . [31] [32] [ ¿cuándo? ]

Investigación y carrera

Entre 2000 y 2003, Birney organizó una apuesta y sorteo científico conocido como GeneSweep , [38] [15] para la comunidad genómica, en el que se hacían apuestas sobre estimaciones del número total de genes (y ADN no codificante [39] ) en el genoma humano. [32] [40] [41]

Birney es uno de los fundadores del explorador de genomas Ensembl y otras bases de datos, y ha desempeñado un papel en la secuenciación del genoma humano en 2000 y en el análisis de la función del genoma en el proyecto ENCODE . [41] [42] Ha desempeñado un papel en la anotación de las secuencias del genoma del ser humano, [43] el ratón, [44] el pollo [45] y varios otros organismos. Su grupo de investigación se centra en la genómica computacional y las diferencias interindividuales en humanos y otros animales . [18] [22] [24] [39] [46] [47] [48] [49] [50] [51]

Birney es conocido por su papel en el consorcio ENCODE . [5] [41] [52] [53] [54] [55] [56] Antes del proyecto ENCODE, Birney ha estado involucrado en la creación de una serie de herramientas de bioinformática y biología computacional ampliamente utilizadas , ya sea directamente (PairWise, [57] GeneWise, [58] GenomeWise, [59] ), o en colaboración con estudiantes y posdoctorados , por ejemplo, Exonerate [60] (con Guy Slater), Enredo (Javier Herrero [61] ), Pecan (Benedict Paten [62] ), el ensamblador Velvet (Daniel Zerbino [63] ) y CRAM (Markus Hsi-Yang Fritz, [64] Rasko Leinonen [65] y Vadim Zalunin). Birney también ha contribuido a varios otros proyectos, incluida la base de datos Pfam [66] , InterPro , [67] BioPerl , [68] [69] y HMMER [70] y el proyecto de base de datos del genoma Ensembl . [71]

A partir de 2015 , el grupo de investigación de Birney se centra en algoritmos genómicos y en el estudio de las diferencias interindividuales, tanto en humanos como en otras especies. Ha supervisado a varios estudiantes de doctorado [72] e investigadores postdoctorales que han trabajado en su laboratorio. [73] [74] [75] [76] [64] [77 ] [78] [62] [79] [80] [81] [82] [83] Su investigación ha sido financiada por el Consejo de Investigación en Biotecnología y Ciencias Biológicas (BBSRC), el Consejo de Investigación Médica (MRC) [84], el Instituto Nacional de Investigación del Genoma Humano (NHGRI), [10] el Wellcome Trust y la Unión Europea . [85]

Birney se desempeña como consultor de Oxford Nanopore Technologies [86] y en el consejo asesor científico del Earlham Institute (anteriormente TGAC) en Norwich. [87] [88] Desde 2022, ha sido miembro del consejo directivo del Eton College . [89] También ha sido miembro de las juntas directivas del Consejo de Investigación en Biotecnología y Ciencias Biológicas (BBSRC), el Centro Alemán de Investigación del Cáncer (DKFZ), el Instituto de Investigación del Cáncer (ICR), el Instituto de Investigación del Cáncer de Ontario (OICR), el Instituto Pasteur y el Instituto Riken . [90]

Premios y honores

En 2002, Birney fue nombrado como uno de los 100 innovadores más importantes del mundo menores de 35 años según la revista MIT Technology Review TR100 . [91] En 2003, dio la conferencia inaugural Francis Crick en la Royal Society : [1] En 2005, la Sociedad Internacional de Biología Computacional (ISCB) le otorgó el Premio Overton por su defensa de la bioinformática de código abierto , sus contribuciones a la comunidad BioPerl y su liderazgo en el proyecto de anotación del genoma Ensembl. [2] En 2005, Birney recibió el Premio Benjamin Franklin en Bioinformática : [92]

Como lo expresaron sus nominadores, Birney ha sido una fuerza significativa en el Código Abierto en Bioinformática y ciencia. Ha sido un firme defensor de hacer que la información del genoma esté disponible gratuitamente para todos. Su trabajo como codirector del proyecto Ensembl ha hecho que la anotación genómica de alta calidad esté disponible gratuitamente en la web, evitando un sistema de clases de laboratorios que pueden y no pueden permitirse pagar tarifas de suscripción a datos privados. El proyecto ha trabajado duro para hacer que los datos estén disponibles de diversas maneras para que sean accesibles y fácilmente disponibles para la minería. El proyecto Ensembl ha sido de código abierto desde el principio, lo que permite a los investigadores y corporaciones por igual reutilizar y extender el sistema de software. Birney también ha sido un defensor de la ciencia abierta . Junto con Sean Eddy , criticó las decisiones de las revistas de permitir que se publiquen artículos sin publicar los datos de la secuencia del genoma al mismo tiempo. También es el autor del paquete de herramientas Wise de libre acceso, que son partes importantes de los procesos de anotación del genoma. Se desempeña como codirector del kit de herramientas de bioinformática de código abierto Bioperl y también cofundó y actualmente se desempeña como presidente de la Fundación Open Bioinformatics , una organización que apoya el desarrollo de varios kits de herramientas de bioinformática.

Birney fue galardonado como miembro de la Organización Europea de Biología Molecular (EMBO) [3] en 2012 [4] y elegido miembro de la Royal Society (FRS) en 2014. [ 9] [1] Su certificado de elección y candidatura dice: [19]

Ewan se ha convertido en una fuerza en genómica debido a su innovación en el análisis del genoma, tanto en análisis algorítmicos como integrativos. Escribió el primer programa de alineamiento de proteínas tolerante a errores y consciente del empalme , utilizado en el análisis del genoma humano y posterior; fue coautor de uno de los primeros y más utilizados ensambladores de lectura corta . En términos de integración de datos , Ewan ha liderado el análisis en muchos consorcios genómicos, en particular ENCODE , liderando la integración de muchos ensayos genómicos; por ejemplo, haciendo predicciones sólidas de potenciadores , promotores y su integración con regiones asociadas a enfermedades. También co-desarrolló muchos recursos bioinformáticos ampliamente utilizados.

Birney ha sido galardonado con el título de Doctor Honoris Causa en Ciencias (DSc): en 2014 por la Universidad Brunel de Londres [93] y en 2021 por la Universidad de Tartu , [94] Estonia . En 2015, Birney fue elegido miembro de la Academia de Ciencias Médicas (FMedSci). [20] Birney fue nombrado Comandante de la Orden del Imperio Británico (CBE) en los Honores de Año Nuevo de 2019. [ 95] [7]

Vida personal

Birney se casó en 2003 [18] y tiene dos hijos. [13]

Referencias

  1. ^ abcd Anónimo (2014). "Dr Ewan Birney FMedSci FRS". Londres: Royal Society . Archivado desde el original el 17 de noviembre de 2015.Una o más de las oraciones anteriores incorporan texto del sitio web royalsociety.org donde:

    Todo el texto publicado bajo el título «Biografía» en las páginas de perfil de los miembros está disponible bajo la licencia Creative Commons Attribution 4.0 International License . -- «Términos, condiciones y políticas de la Royal Society». Archivado desde el original el 25 de septiembre de 2015. Consultado el 9 de marzo de 2016 .{{cite web}}: CS1 maint: bot: estado de URL original desconocido ( enlace )

  2. ^ ab "Boletín informativo de la ISCB 8-2 El Dr. Ewan Birney fue nombrado ganador del premio Overton 2005". Archivado desde el original el 22 de octubre de 2015.
  3. ^ ab "El directorio de bolsillo de EMBO" (PDF) . Organización Europea de Biología Molecular. Archivado desde el original el 16 de marzo de 2015.
  4. ^ ab Anon (2012). "MIEMBRO DE EMBO: Ewan Birney". people.embo.org . Heidelberg: Organización Europea de Biología Molecular.
  5. ^ abcd Publicaciones de Ewan Birney indexadas por Google Scholar
  6. ^ abc Birney, Ewan (2000). Alineamiento de secuencias en bioinformática. cam.ac.uk (tesis doctoral). Universidad de Cambridge. OCLC  894597337. EThOS  uk.bl.ethos.621653. Archivado (PDF) del original el 9 de julio de 2019. Consultado el 19 de noviembre de 2017 .
  7. ^ de Anónimo (2018). "John BIRNEY: Profesor John Frederick William BIRNEY FRS" The London Gazette . Londres. Archivado desde el original el 28 de diciembre de 2019.
  8. ↑ Anónimo (4 de noviembre de 1993). «John Frederick William Birney». Oxford University Gazette . 124 (4305). Oxford University Press . Archivado desde el original el 16 de junio de 2015.
  9. ^ ab Anon (2015). «Fellowship of the Royal Society 1660-2015». Londres: Royal Society . Archivado desde el original el 15 de octubre de 2015.
  10. ^ ab ORCID de Ewan Birney  0000-0001-8314-8497
  11. ^ ab Anon (2017). "So, I am Ewan Birney" (PDF) . genome.gov . Instituto Nacional de Investigación del Genoma Humano . Archivado desde el original (PDF) el 4 de julio de 2017.
  12. ^ Anónimo (2016). "John Frederick William BIRNEY, Eagle Genomics Limited". Londres: Companies House . Archivado desde el original el 25 de abril de 2016.
  13. ^ abcdefgh Anónimo (2015). "Birney, Dr. John Frederick William, (Ewan)" . Quién es quién (edición en línea de Oxford University Press  ). A & C Black. doi :10.1093/ww/9780199540884.013.U281970. (Se requiere suscripción o membresía a una biblioteca pública del Reino Unido).
  14. ^ abcd Hopkin, Karen (junio de 2005). «Bring Me Your Genomes: The Ewan Birney Story». The Scientist . 19 (11): 60. Archivado desde el original el 31 de marzo de 2012. Consultado el 10 de junio de 2011 .
  15. ^ ab Pennisi, E. (2003). "Genoma humano: un número bajo gana el pool de GeneSweep". Science . 300 (5625): 1484b–1484. doi :10.1126/science.300.5625.1484b. ISSN  0036-8075. PMID  12791949. S2CID  82493401. Icono de acceso cerrado
  16. ^ Consorcio del Proyecto ENCODE; Birney E; Stamatoyannopoulos JA ; Dutta A; Guigó R; Gingeras TR; Margulies EH; Weng Z; Snyder M; Dermitzakis ET; et al. (2007). "Identificación y análisis de elementos funcionales en el 1% del genoma humano mediante el proyecto piloto ENCODE". Nature . 447 (7146): 799–816. Bibcode :2007Natur.447..799B. doi :10.1038/nature05874. PMC 2212820 . PMID  17571346. 
  17. ^ Hubbard, T .; Barker, D.; Birney, E.; Cameron, G.; Chen, Y.; Clark, L.; Cox, T.; Cuff, J.; Curwen, V.; Down, T.; Durbin, R.; Eyras, E.; Gilbert, J.; Hammond, M.; Huminiecki, L.; Kasprzyk, A.; Lehvaslaiho, H.; Lijnzaad, P.; Melsopp, C.; Mongin, E.; Pettett, R.; Pocock, M.; Potter, S.; Rust, A.; Schmidt, E.; Searle, S.; Slater, G.; Smith, J.; Spooner, W.; Stabenau, A. (2002). "El proyecto de base de datos del genoma Ensembl". Investigación de ácidos nucleicos . 30 (1): 38–41. doi :10.1093/nar/30.1.38. PMC 99161. PMID  11752248 . 
  18. ^ abc Pennisi, Elizabeth (2012). "Perfil de Ewan Birney: el gran conversador de la genómica". Science . 337 (6099): 1167–1169. doi :10.1126/science.337.6099.1167. PMID  22955814.
  19. ^ ab "Certificado de elección EC/2014/06: Ewan Birney FRS". Londres: Royal Society . Archivado desde el original el 9 de julio de 2019.
  20. ^ ab Anon (2015). "Dr Ewan Birney FRS FMedSci". acmedsci.ac.uk . Londres: Academia de Ciencias Médicas. Archivado desde el original el 6 de julio de 2015.
  21. ^ Colección de historia oral del NHGRI: entrevista con Ewan Birney en YouTube
  22. ^ Publicaciones de Ewan Birney de Europa PubMed Central
  23. ^ Parkhill, J ; Birney, E; Kersey, P (2010). "Infraestructura de información genómica después del diluvio". Genome Biology . 11 (7): 402. doi : 10.1186/gb-2010-11-7-402 . PMC 2926780 . PMID  20670392. 
  24. ^ ab Kellis, M ; Mundo, B; Snyder, diputado; Bernstein, BE; Kundajé, A; Marinov, GK; Barrio, LD; Birney, E; Crawford, GE; Dekker, J; Dunham, yo; Elnitski, LL; Farnham, PJ; Feingold, EA; Gerstein, M; Giddings, MC; Gilbert, DM; Gingeras, TR; Verde, DE; Guigo, R; Hubbard, T; Kent, J; Lieb, JD; Myers, RM; Pazín, MJ; Ren, B; Stamatoyannopoulos, JA; Weng, Z; Blanco, KP; Hardison, RC (2014). "Definición de elementos funcionales del ADN en el genoma humano". Actas de la Academia Nacional de Ciencias . 111 (17): 6131–6138. Código Bibliográfico :2014PNAS..111.6131K. doi : 10.1073/pnas.1318948111 . PMC 4035993 . PMID  24753594. 
  25. ^ Heard, Edith (2020). "Reestructuración de la alta dirección". embl.org . Heidelberg: Laboratorio Europeo de Biología Molecular.
  26. ^ Anónimo (2016). "El profesor Ewan Birney fue nombrado miembro del Consejo de Genomics England". genomicsengland.co.uk . Genomics England. Archivado desde el original el 11 de julio de 2017.
  27. ^ Ewan Birney en Twitter
  28. ^ Birney, Ewan (2017). «Acerca de Ewan Birney». ewanbirney.com . Archivado desde el original el 1 de diciembre de 2017. Consultado el 19 de noviembre de 2017 .
  29. ^ Anónimo (12 de diciembre de 2014). «Honorary Professors». Cambridge University Reporter . CXLV (5). Universidad de Cambridge. Archivado desde el original el 15 de marzo de 2015.
  30. ^ Anónimo (2015). "Sanger Faculty". Instituto Sanger de Wellcome Trust. Archivado desde el original el 16 de marzo de 2015.
  31. ^ de Anónimo (2015). "Dr. Ewan Birney FRS". thescientific23.com . Archivado desde el original el 6 de julio de 2015.
  32. ^ abcd Al-Khalili, Jim (2013). "La vida científica, Ewan Birney". bbc.co.uk . BBC .
  33. ^ Birney, E.; Kumar, S.; Krainer, A. (1992). "Un supuesto homólogo de U2AF65 en S. Cerevisiae". Nucleic Acids Research . 20 (17): 4663. doi :10.1093/nar/20.17.4663. PMC 334203 . PMID  1408772. 
  34. ^ Birney, Ewan (10 de febrero de 2013). "Los científicos y sus emociones: los altibajos: un biólogo computacional describe la euforia de lograr un avance –y la desdicha de no hacerlo– mientras otros tres científicos nos cuentan cómo su trabajo influye en sus emociones". theguardian.com . Londres: The Observer.
  35. ^ Anónimo (2012). "La edad del genoma, Ewan Birney en Floreat Domus". balliol.ox.ac.uk . Periódico del Balliol College. Archivado desde el original el 24 de febrero de 2012.
  36. ^ Smaglik, Paul (2012). "Punto de inflexión: Ewan Birney". Nature . 482 (7383): 123–728. doi : 10.1038/nj7383-123a . S2CID  144288448.
  37. ^ Birney, Ewan; Durbin, Richard (1997). "Dynamite: Un lenguaje de generación de código flexible para métodos de programación dinámica utilizados en comparación de secuencias". Actas. Conferencia internacional sobre sistemas inteligentes para biología molecular . 5 : 56–64. PMID  9322016.
  38. ^ Pearson, Helen (2003). "Los genetistas juegan al juego de los números en vano". Nature . 423 (6940): 576. Bibcode :2003Natur.423..576P. doi : 10.1038/423576a . ISSN  0028-0836. PMID  12789304. S2CID  54588944.
  39. ^ ab Hall, Stephen S. (2012). "Viaje al interior genético. Lo que alguna vez se conoció como ADN basura resulta contener tesoros ocultos, dice el biólogo computacional Ewan Birney". Scientific American . 307 (4): 80–82, 84. doi :10.1038/scientificamerican1012-80. PMID  23029896.
  40. ^ Pertea, M.; Salzberg, SL (2010). "Entre un pollo y una uva: Estimación del número de genes humanos". Genome Biology . 11 (5): 206. doi : 10.1186/gb-2010-11-5-206 . PMC 2898077 . PMID  20441615. 
  41. ^ abc Graur, D .; Zheng, Y.; Price, N.; Azevedo, RBR; Zufall, RA; Elhaik, E. (2013). "Sobre la inmortalidad de los televisores: "Función" en el genoma humano según el evangelio libre de evolución de ENCODE". Genome Biology and Evolution . 5 (3): 578–590. doi :10.1093/gbe/evt028. PMC 3622293 . PMID  23431001. 
  42. ^ "ENCODE: Enciclopedia de elementos del ADN" en YouTube
  43. ^ Lander, ES ; Linton, M.; Birren, B.; Nusbaum, C.; Zody, C.; Baldwin, J.; Devon, K.; Dewar, K.; Doyle, M.; Fitzhugh, W.; Funke, R.; calibre, D.; Harris, K.; Heaford, A.; Howland, J.; Kann, L.; Lehoczky, J.; Levine, R.; McEwan, P.; McKernan, K.; Meldrim, J.; Mesirov, JP; Miranda, C.; Morris, W.; Naylor, J.; Raymond, C.; Rosetti, M.; Santos, R.; Sheridan, A.; et al. (febrero de 2001). «Secuenciación inicial y análisis del genoma humano» (PDF) . Naturaleza . 409 (6822): 860–921. Código Bibliográfico : 2001Natur.409..860L. doi :10.1038/35057062. ISSN  0028-0836. PMID  11237011.
  44. ^ Chinwalla, AT; Waterston, LL; Lindblad-Toh, KD; Birney, GA; Rogers, LA; Abril, RS; Agarwal, TA; Agarwala, LW; Ainscough, ER; Alexandersson, JD; An, TL; Antonarakis, WE; Attwood, JO; Baertsch, MN; Bailey, KH; Barlow, CS; Beck, TC; Berry, B.; Birren, J.; Bloom, E.; Bork, RH; Botcherby, MC; Bray, RK; Brent, SP; Brown, P.; Brown, E.; Bult, B.; Burton, T.; Butler, DG; et al. (2002). "Secuenciación inicial y análisis comparativo del genoma del ratón". Nature . 420 (6915): 520–562. Código Bibliográfico : 2002Natur.420..520W. doi : 10.1038/nature01262 . PMID:  12466850.
  45. ^ Eyras, E.; Reymond, A.; Castelo, R.; Adiós, JM; Cámara, F.; Flicek, P.; Huckle, EJ; Parra, G.; Shteynberg, DD; Wyss, C.; Rogers, J.; Antonarakis, SE; Birney, E.; Guigo, R.; Brent, señor (2005). "Búsqueda de genes en el genoma del pollo". Bioinformática BMC . 6 : 131. doi : 10.1186/1471-2105-6-131 . PMC 1174864 . PMID  15924626. 
  46. ^ "Churchill College: Biografías: Ewan Birney". chu.cam.ac.uk . Archivado desde el original el 3 de abril de 2011.
  47. ^ Goldman, N.; Bertone, P.; Chen, S.; Dessimoz, C. ; Leproust, EM; Sipos, B.; Birney, E. (2013). "Hacia un almacenamiento de información práctico, de alta capacidad y bajo mantenimiento en ADN sintetizado". Nature . 494 (7435): 77–80. Bibcode :2013Natur.494...77G. doi :10.1038/nature11875. PMC 3672958 . PMID  23354052. 
  48. ^ "Entrevista con Ewan Birney: orador principal en la Conferencia de Tecnología Bioinformática de O'Reilly". oreilly.com . O'Reilly Media . Archivado desde el original el 27 de mayo de 2015.
  49. ^ Publicaciones de Ewan Birney indexadas en la base de datos bibliográfica Scopus . (requiere suscripción)
  50. ^ Jupp, S; Malone, J; Bolleman, J; Brandizi, M; Davies, M; Garcia, L; Gaulton, A; Gehant, S; Laibe, C; Redaschi, N; Wimalaratne, SM; Martin, M; Le Novère, N; Parkinson, H; Birney, E; Jenkinson, AM (2014). "La plataforma EBI RDF: datos abiertos vinculados para las ciencias de la vida". Bioinformática . 30 (9): 1338–9. doi :10.1093/bioinformatics/btt765. PMC 3998127 . PMID  24413672. 
  51. ^ Marti-Solano, M; Birney, E; Bril, A; Della Pasqua, O; Kitano, H ; Mons, B ; Xenarios, I; Sanz, F (2014). "Gestión integradora del conocimiento para mejorar la I+D farmacéutica". Nature Reviews Drug Discovery . 13 (4): 239–40. doi :10.1038/nrd4290. PMID  24687050. S2CID  20972353.
  52. ^ Kellis, M .; Wold, B.; Snyder, MP; Bernstein, BE; Kundaje, A.; Marinov, GK; Ward, LD; Birney, E.; Crawford, GE; Dekker, J.; Dunham, I.; Elnitski, LL; Farnham, PJ; Feingold, EA; Gerstein, M.; Giddings, MC; Gilbert, DM; Gingeras, TR; Green, ED; Guigo, R.; Hubbard, T.; Kent, J.; Lieb, JD; Myers, RM; Pazin, MJ; Ren, B.; Stamatoyannopoulos, J.; Weng, Z.; White, KP; Hardison, RC (2014). "Respuesta a Brunet y Doolittle: Tanto los elementos de efecto como los de función causal seleccionados pueden influir en la biología y la enfermedad humanas". Actas de la Academia Nacional de Ciencias . 111 (33): E3366. Código Bibliográfico :2014PNAS..111E3366K. doi : 10.1073/pnas.1410434111 . ISSN  0027-8424. PMC 4143047 . PMID  25275169. 
  53. ^ Birney, Ewan (2012). "La creación de ENCODE: lecciones para proyectos de big data". Nature . 489 (7414): 49–51. Bibcode :2012Natur.489...49B. doi : 10.1038/489049a . PMID  22955613. S2CID  32178490.
  54. ^ Dunham, I.; Bernstein, A.; Birney, SF; Dunham, PJ; Green, CA; Gunter, F.; Snyder, CB; Frietze, S.; Harrow, J.; Kaul, R.; Khatun, J.; Lajoie, BR; Landt, SG; Lee, BK; Pauli, F.; Rosenbloom, KR; Sabo, P.; Safi, A.; Sanyal, A.; Shoresh, N.; Simon, JM; Song, L.; Trinklein, ND; Altshuler, RC; Birney, E.; Brown, JB; Cheng, C.; Djebali, S.; Dong, X.; et al. (2012). "Una enciclopedia integrada de elementos de ADN en el genoma humano". Nature . 489 (7414): 57–74. Código Bibliográfico :2012Natur.489...57T. doi :10.1038/nature11247. PMC 3439153. PMID 22955616  . 
  55. ^ Consorcio del proyecto ENCODE (2011). Becker PB (ed.). "Guía del usuario de la enciclopedia de elementos del ADN (ENCODE)". PLOS Biology . 9 (4): e1001046. doi : 10.1371/journal.pbio.1001046 . PMC 3079585 . PMID  21526222.  Icono de acceso abierto
  56. ^ Ewan Birney en el servidor de bibliografía DBLP
  57. ^ Birney, E.; Thompson, J.; Gibson, T. (1996). "PairWise y SearchWise: Encontrar la alineación óptima en una comparación simultánea de un perfil de proteína contra todos los marcos de traducción de ADN". Nucleic Acids Research . 24 (14): 2730–2739. doi :10.1093/nar/24.14.2730. PMC 145991 . PMID  8759004. 
  58. ^ Birney, E.; Durbin, R. (2000). "Uso de GeneWise en el experimento de anotación de Drosophila". Genome Research . 10 (4): 547–548. doi :10.1101/gr.10.4.547. PMC 310858 . PMID  10779496. 
  59. ^ Birney, E.; Clamp, M.; Durbin, R. (2004). "GeneWise y Genomewise". Genome Research . 14 (5): 988–995. doi :10.1101/gr.1865504. PMC 479130 . PMID  15123596. 
  60. ^ Slater, G.; Birney, E. (2005). "Generación automatizada de heurísticas para la comparación de secuencias biológicas". BMC Bioinformatics . 6 : 31. doi : 10.1186/1471-2105-6-31 . PMC 553969 . PMID  15713233. 
  61. ^ Paten, B.; Herrero, J.; Beal, K.; Fitzgerald, S.; Birney, E. (2008). "Enredo y Pecan: Alineamiento múltiple basado en la consistencia de todo el genoma de mamíferos con parálogos". Genome Research . 18 (11): 1814–1828. doi :10.1101/gr.076554.108. PMC 2577869 . PMID  18849524.  Icono de acceso abierto
  62. ^ ab Paten, Benedict John (2006). Alineamiento múltiple a gran escala y descubrimiento de patrones asociados a la transcripción en genomas de vertebrados (tesis doctoral). Universidad de Cambridge. OCLC  890155216. EThOS  uk.bl.ethos.612811.
  63. ^ Zerbino, DR; Birney, E. (2008). "Velvet: Algoritmos para el ensamblaje de lecturas cortas de novo utilizando grafos de Bruijn". Genome Research . 18 (5): 821–829. doi :10.1101/gr.074492.107. ISSN  1088-9051. PMC 2336801 . PMID  18349386. 
  64. ^ ab Fritz, Markus (2011). Explotación de datos de secuenciación de ADN de alto rendimiento para análisis genómico (tesis doctoral). Universidad de Cambridge. OCLC  890152397. EThOS  uk.bl.ethos.610819. Archivado desde el original el 30 de agosto de 2018 . Consultado el 30 de agosto de 2018 .
  65. ^ Leinonen, R.; Akhtar, R.; Birney, E.; Bonfield, J.; Bower, L.; Corbett, M.; Cheng, Y.; Demiralp, F.; Faruque, N.; Goodgame, N.; Gibson, R.; Hoad, G.; Hunter, C.; Jang, M.; Leonard, S.; Lin, Q.; Lopez, R.; Maguire, M.; McWilliam, H.; Plaister, S.; Radhakrishnan, R.; Sobhany, S.; Slater, G.; Ten Hoopen, P.; Valentin, F.; Vaughan, R.; Zalunin, V.; Zerbino, D.; Cochrane, G. (2009). "Mejoras en los servicios del Archivo Europeo de Nucleótidos". Nucleic Acids Research . 38 (Número de la base de datos): D39–D45. doi :10.1093/nar / gkp998.PMC 2808951.PMID 19906712  . 
  66. ^ Bateman, A. ; Birney, E.; Cerruti, L.; Durbin, R. ; Etwiller, L.; Eddy, S. ; Griffiths-Jones, S.; Howe, K.; Marshall, M.; Sonnhammer, EL (2002). "Base de datos de familias de proteínas Pfam". Investigación de ácidos nucleicos . 30 (1): 276–280. doi :10.1093/nar/30.1.276. PMC 99071 . PMID  11752314. 
  67. ^ Apweiler, R .; Attwood, TK ; Bairoch, A .; Bateman, A .; Birney, E.; Biswas, M.; Bucher, P.; Cerutti, L.; Corpet, F.; Croning, MD; Durbin, R.; Falquet, L.; Fleischmann, W.; Gouzy, J.; Hermjakob, H.; Hulo, N.; Jonassen, I.; Kahn, D.; Kanapin, A.; Karavidopoulou, Y.; López, R.; Marx, B.; Mulder, Nueva Jersey; Oinn, TM; Pagni, M.; Siervo, F.; Sigrist, CJ; Zdobnov, EM (2001). "La base de datos InterPro, un recurso de documentación integrado para familias, dominios y sitios funcionales de proteínas". Investigación de ácidos nucleicos . 29 (1): 37–40. doi :10.1093/nar/29.1.37. PMC 29841. PMID  11125043 . 
  68. ^ Stajich, JE; Block, D.; Boulez, K.; Brenner, S .; Chervitz, S.; Dagdigian, C.; Fuellen, G.; Gilbert, J.; Korf, I.; Lapp, H.; Lehväslaiho, H.; Matsalla, C.; Mungall, CJ; Osborne, BI; Pocock, MR; Schattner, P.; Senger, M.; Stein, LD ; Stupka, E.; Wilkinson, MD; Birney, E. (2002). "El kit de herramientas BioPerl: módulos Perl para las ciencias de la vida". Genome Research . 12 (10): 1611–1618. doi :10.1101/gr.361602. PMC 187536 . PMID  12368254. 
  69. ^ Anónimo (2013). "Ewan Birney - BioPerl". bioperl.org . Archivado desde el original el 12 de diciembre de 2012.
  70. ^ Bateman, A.; Birney, E.; Durbin, R.; Eddy , S .; Finn, R.; Sonnhammer, E. (1999). "Pfam 3.1: 1313 alineaciones múltiples y perfiles HMM coinciden con la mayoría de las proteínas". Investigación de ácidos nucleicos . 27 (1): 260–262. doi :10.1093/nar/27.1.260. PMC 148151 . PMID  9847196. 
  71. ^ Flicek, P.; Ahmed, I.; Amode, señor; Barril, D.; Beal, K.; Brent, S.; Carvalho-Silva, D.; Clapham, P.; Coates, G.; Fairley, S.; Fitzgerald, S.; Gil, L.; García-Girón, C.; Gordon, L.; Más horas, T.; cazar, S.; Juettemann, T.; Kahari, Alaska; Keenan, S.; Komorowska, M.; Kulesha, E.; Longden, I.; Maurel, T.; McLaren, WM; Muffato, M.; Nag, R.; Overduin, B.; Pignatelli, M.; Pritchard, B.; Pritchard, E. (2012). "Conjunto 2013". Investigación de ácidos nucleicos . 41 (D1): D48-D55. doi : 10.1093 / nar/gks1236.PMC 3531136.PMID 23203987  . 
  72. ^ Birney, Ewan (10 de abril de 2018). "El mejor regalo como supervisor..." twitter.com . Archivado desde el original el 10 de abril de 2018 . Consultado el 30 de agosto de 2018 .
  73. ^ Meyer, Hannah Verena (2018). Asociación genética de rasgos de alta dimensión. cam.ac.uk (tesis doctoral). Universidad de Cambridge. doi :10.17863/CAM.26456. OCLC  1064682860. EThOS  uk.bl.ethos.753477.
  74. ^ Taylor, Dennis Leland (2018). Un análisis genético de los rasgos moleculares en el músculo esquelético. cam.ac.uk (tesis doctoral). Universidad de Cambridge. doi :10.17863/CAM.21243. EThOS  uk.bl.ethos.744632. Icono de acceso gratuito
  75. ^ O'Reilly, Paul F. (2009). Detecting recent positive selection in humans on a genome-wide scale [Detección de la selección positiva reciente en humanos a escala del genoma]. jisc.ac.uk (tesis doctoral). Imperial College London. OCLC  757093727. EThOS  uk.bl.ethos.511880. Archivado desde el original el 30 de agosto de 2018.
  76. ^ Ettwiller, Laurence Michele (2004). Investigaciones computacionales sobre regulación cis en eucariotas (tesis doctoral). Universidad de Cambridge. OCLC  890156758. EThOS  uk.bl.ethos.613876.
  77. ^ Hoffman, Michael Milner (2008). Cuantificación de la evolución y la selección natural en secuencias no codificantes de vertebrados. cam.ac.uk (tesis doctoral). Universidad de Cambridge. doi :10.17863/CAM.13940. OCLC  885435476. EThOS  uk.bl.ethos.604139. Icono de acceso abierto
  78. ^ Meynert, Alison Maria (2009). Función y evolución de los elementos reguladores en vertebrados (tesis doctoral). Universidad de Cambridge. OCLC  890148982. EThOS  uk.bl.ethos.608495.
  79. ^ Ruklisa, Dace (2015). Estudios de asociación genómica a gran escala en moscas de la fruta y humanos (tesis doctoral). Universidad de Cambridge. OCLC  890151540. EThOS  uk.bl.ethos.610178.
  80. ^ Timmer, Sander Willem (2015). Entendiendo el epigenoma usando genética de sistemas. cam.ac.uk (tesis doctoral). Universidad de Cambridge. doi :10.17863/CAM.15988. OCLC  903609296. EThOS  uk.bl.ethos.637101. Icono de acceso abierto
  81. ^ Zerbino, Daniel Robert (2009). Ensamblaje y comparación de genomas mediante grafos de De Bruijn (tesis doctoral). Universidad de Cambridge. OCLC  890153795. EThOS  uk.bl.ethos.611752. Archivado desde el original el 30 de agosto de 2018.
  82. ^ "Programa de doctorado internacional del EMBL - tesis finalizadas | EBI Training". Archivado desde el original el 22 de febrero de 2013.
  83. ^ "Tesis doctorales del EMBL-EBI". ebi.ac.uk . Instituto Europeo de Bioinformática.
  84. ^ "Subvenciones de investigación del Gobierno del Reino Unido otorgadas a Ewan Birney". Swindon: Research Councils UK . Archivado desde el original el 4 de junio de 2015.
  85. ^ "Google Tech Talk 2012-07-12: Genética y genómica humana: la ciencia para el siglo XXI por Ewan Birney" en YouTube
  86. ^ Cookson, Clive (17 de febrero de 2012). «Oxford Nanopore presenta un lector de ADN en miniatura» . Financial Times . Londres. Archivado desde el original el 11 de diciembre de 2022. Consultado el 20 de octubre de 2014 .
  87. ^ "Nuevo Consejo Científico Asesor del TGAC: un grupo multidisciplinario de expertos clave". tgac.ac.uk . The Genome Analysis Centre, Norwich. Archivado desde el original el 23 de diciembre de 2015.
  88. ^ "Laboratorio Europeo de Biología Molecular Ewan Birney - Big Data 2014 - MediaSpace - Stanford Medicine". mediaspace.stanford.edu .
  89. ^ Waldegrave, William (2022). "El órgano rector de Eton". etoncollege.com . Archivado desde el original el 16 de julio de 2023.
  90. ^ Anónimo (2024). «Ewan Birney: Director General Adjunto del EMBL y Director Adjunto del EMBL». ebi.ac.uk . Archivado desde el original el 12 de febrero de 2024.
  91. ^ "2002 Young Innovators Under 35: Ewan Birney, 29". Technology Review . 2002. Archivado desde el original el 29 de marzo de 2011 . Consultado el 22 de junio de 2011 .
  92. ^ "Comunicado de prensa: Ewan Birney gana el Premio Benjamin Franklin 2005 en Bioinformática". bioinformatics.org .
  93. ^ "En reconocimiento a su destacado servicio a la ciencia, el Dr. Ewan Birney recibe el título honorífico de Doctor en Ciencias". brunel.ac.uk . Brunel University London . Archivado desde el original el 21 de abril de 2015.
  94. ^ "La Universidad de Tartu ha otorgado el título de Doctor Honoris Causa en Bioinformática al Profesor Ewan Birney por su excelente trabajo de investigación, cooperación internacional y papel como defensor de la ciencia abierta". www.ut.ee . Universidad de Tartu .
  95. ^ "Cambridge en la lista de honores de Año Nuevo 2019". cam.ac.uk . Universidad de Cambridge. 28 de diciembre de 2018.

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