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Richard Durbin

Richard Michael Durbin FRS [17] (nacido en 1960) [15] es un biólogo computacional británico [18] [19] [2] y profesor Al-Kindi de genética en la Universidad de Cambridge . [20] [21] [22] [23] También se desempeña como miembro asociado de la facultad en el Instituto Wellcome Sanger , donde anteriormente fue líder de grupo senior. [24] [25] [26] [27]

Educación

Durbin se educó en The Hall School, Hampstead [ cita necesaria ] y Highgate School en Londres. [15] Después de competir en la Olimpiada Internacional de Matemáticas de 1978/9 , [28] pasó a estudiar en la Universidad de Cambridge y se graduó en 1982 [29] con una licenciatura con honores de segunda clase en los Cambridge Mathematical Tripos . Después de graduarse, continuó sus estudios de doctorado [3] en St John's College, Cambridge [15] estudiando el desarrollo y organización del sistema nervioso de Caenorhabditis elegans mientras trabajaba en el Laboratorio de Biología Molecular (LMB) en Cambridge, supervisado por John Graham White . [3]

Carrera e investigación

Los primeros trabajos de Durbin incluyeron el desarrollo del software del instrumento principal para uno de los primeros detectores de área de cristalografía de rayos X [30] y el microscopio confocal MRC Biorad , junto con contribuciones al modelado neuronal. [31] [32]

Luego dirigió la informática para el proyecto del genoma de Caenorhabditis elegans [33] y, junto con Jean Thierry-Mieg, desarrolló la base de datos del genoma AceDB , que evolucionó hasta convertirse en el recurso web WormBase . Posteriormente desempeñó un papel importante en la recopilación de datos y la interpretación de la secuencia del genoma humano. [34]

Ha desarrollado numerosos métodos para el análisis de secuencias computacionales . [35] [36] Estos incluyen la búsqueda de genes (por ejemplo, GeneWise) con Ewan Birney [37] y modelos ocultos de Markov para la alineación y coincidencia de proteínas y ácidos nucleicos (por ejemplo, HMMER ) con Sean Eddy y Graeme Mitchison. Un libro de texto estándar sobre análisis de secuencia biológica en coautoría con Sean Eddy , Anders Krogh y Graeme Mitchison [16] describe parte de este trabajo. Utilizando estos métodos, Durbin trabajó con colegas para construir una serie de importantes recursos de datos genómicos, incluida la base de datos de familias de proteínas Pfam , [38] la base de datos de genoma Ensembl , [39] y la base de datos de familias de genes TreeFam . [9]

Más recientemente, Durbin ha vuelto a la secuenciación y ha desarrollado enfoques de baja cobertura para la secuenciación del genoma poblacional, aplicados primero a la levadura, [40] [41] y ha sido uno de los líderes en la aplicación de nueva tecnología de secuenciación para estudiar la variación del genoma humano. [42] [43] Durbin actualmente codirige el Proyecto internacional 1000 Genomas para caracterizar la variación hasta el 1% de frecuencia alélica como base para la genética humana.

Premios y honores

Durbin fue ganador conjunto del Premio Mullard de la Royal Society en 1994 (por su trabajo en el microscopio confocal ), ganó el Premio Lord Lloyd of Kilgerran de la Fundación para la Ciencia y la Tecnología en 2004 y fue elegido miembro de la Royal Society. (FRS) en 2004 [17] y miembro de la Organización Europea de Biología Molecular (EMBO) en 2009. La Royal Society otorgó su Medalla Gabor a Durbin en 2017 por sus contribuciones a la biología computacional. [44] En 2023 recibió el Premio Internacional de Biología por su trabajo sobre la biología de los genomas.

El certificado de elección de Durbin para la Royal Society dice:

Durbin se distingue por su poderosa contribución a la biología computacional. En particular, desempeñó un papel de liderazgo en el establecimiento del nuevo campo de la bioinformática. Esto permite el manejo de datos biológicos a una escala sin precedentes, lo que permite que la genómica prospere. Dirigió el análisis del genoma de C. elegans y desarrolló con Thierry-Mieg el software de base de datos AceDB . En el proyecto internacional del genoma dirigió el análisis de genes codificantes de proteínas. Introdujo herramientas computacionales clave en software y manejo de datos. Su base de datos Pfam permitió la identificación de dominios en nuevas secuencias de proteínas ; utilizó modelos ocultos de Markov, a los que en general aportó rigor y que condujeron a modelos de covarianza para la secuencia de ARN . [45]

Vida personal

Durbin es hijo de James Durbin y está casado con Julie Ahringer , científica del Instituto Gurdon . Ellos tienen dos niños. [15]

Referencias

  1. ^ "EMBO da la bienvenida como miembros a 66 destacados científicos de la vida". bioquímico.org .
  2. ^ ab Publicaciones de Richard M. Durbin indexadas por Google Scholar
  3. ^ abc Durbin, Richard (1987). Estudios sobre el desarrollo y organización del sistema nervioso de Caenorhabditis elegans. cam.ac.uk (tesis doctoral). Universidad de Cambridge. OCLC  499178924. EThOS  uk.bl.ethos.233920.
  4. ^ Birney, Ewan (2000). Alineamiento de secuencias en bioinformática. cam.ac.uk (tesis doctoral). Universidad de Cambridge. OCLC  894597337. EThOS  uk.bl.ethos.621653.
  5. ^ Eddy, SR; Mitchison, G; Durbin, R (1995). "Máxima discriminación oculta modelos de Markov de consenso de secuencia". Revista de biología computacional . 2 (1): 9–23. doi :10.1089/cmb.1995.2.9. PMID  7497123.
  6. ^ Eddy, SR; Durbin, R (1994). "Análisis de secuencia de ARN mediante modelos de covarianza". Investigación de ácidos nucleicos . 22 (11): 2079–88. doi :10.1093/nar/22.11.2079. PMC 308124 . PMID  8029015. 
  7. ^ Li, H .; Durbin, R. (2009). "Alineación de lectura breve rápida y precisa con la transformada de Burrows-Wheeler". Bioinformática . 25 (14): 1754-1760. doi : 10.1093/bioinformática/btp324. PMC 2705234 . PMID  19451168. 
  8. ^ Li, H .; Ruan, J.; Durbin, R. (2008). "Mapeo de lecturas cortas de secuenciación de ADN y llamadas de variantes utilizando puntuaciones de calidad de mapeo". Investigación del genoma . 18 (11): 1851–1858. doi :10.1101/gr.078212.108. PMC 2577856 . PMID  18714091. 
  9. ^ ab Li, H .; Coghlan, A.; Ruan, J.; Moneda, LJ; Heriché, JK; Osmotherly, L.; Li, R.; Liu, T.; Zhang, Z.; Bolund, L.; Wong, GK; Zheng, W.; Dehal, P.; Wang, J.; Durbin, R. (2006). "TreeFam: una base de datos seleccionada de árboles filogenéticos de familias de genes animales". Investigación de ácidos nucleicos . 34 (90001): D572–D580. doi : 10.1093/nar/gkj118. PMC 1347480 . PMID  16381935. 
  10. ^ "Heng Li le da crédito al pedigrí de Durbin por aceptar el premio Franklin". bio-itworld.com. Archivado desde el original el 27 de febrero de 2013.
  11. ^ Bateman, A .; Moneda, L.; Durbin, R.; Finn, RD; Hollich, V.; Griffiths-Jones, S.; Khanna, A.; Marshall, M.; Moxón, S.; Sonnhammer, EL; Studholme, DJ; Yeats, C.; Eddy, SR (2004). "La base de datos de familias de proteínas Pfam". Investigación de ácidos nucleicos . 32 (Problema de la base de datos): 138D–1141. doi : 10.1093/nar/gkh121. ISSN  0305-1048. PMC 308855 . PMID  14681378.  Icono de acceso abierto
  12. ^ Bateman, A .; Birney, E .; Cerruti, L.; Durbin, R.; Etwiller, L.; Eddy, S .; Griffiths-Jones, S.; Howe, K.; Marshall, M.; Sonnhammer, EL (2002). "La base de datos de familias de proteínas Pfam". Investigación de ácidos nucleicos . 30 (1): 276–280. doi :10.1093/nar/30.1.276. PMC 99071 . PMID  11752314. 
  13. ^ Bateman, A; Birney, E; Durbin, R; Eddy, SR; Howe, KL; Sonnhammer, EL (2000). "La base de datos de familias de proteínas Pfam". Investigación de ácidos nucleicos . 28 (1): 263–6. doi :10.1093/nar/28.1.263. PMC 102420 . PMID  10592242. 
  14. ^ Bateman, A.; Birney, E .; Durbin, R.; Eddy, S .; Finn, R.; Sonnhammer, E. (1999). "Pfam 3.1: 1313 múltiples alineamientos y HMM de perfil coinciden con la mayoría de las proteínas". Investigación de ácidos nucleicos . 27 (1): 260–262. doi :10.1093/nar/27.1.260. PMC 148151 . PMID  9847196. 
  15. ^ abcdef Anónimo (2016). "Durbin, Richard Michael" . Quién es quién (edición en línea a través de Oxford University Press  ed.). A y C negro. doi :10.1093/ww/9780199540884.013.U45024. (Se requiere suscripción o membresía en la biblioteca pública del Reino Unido).
  16. ^ ab Durbin, Richard M.; Eddy, Sean R .; Krogh, Anders ; Mitchison, Graeme (1998), Análisis de secuencias biológicas: modelos probabilísticos de proteínas y ácidos nucleicos (1ª ed.), Cambridge, Nueva York: Cambridge University Press , ISBN 0-521-62971-3, OCLC  593254083
  17. ^ ab "Becario del Profesor Richard Durbin FRS". Londres: Sociedad de la Realeza . Archivado desde el original el 19 de noviembre de 2015.
  18. ^ luego. "Durbin, Ricardo". sanger.ac.uk . Consultado el 2 de enero de 2019 .
  19. ^ Richard Durbin en Twitter
  20. ^ Richard M. Durbin en el servidor de bibliografía DBLP
  21. ^ "Profesores honorarios". Reportero de la Universidad de Cambridge . Universidad de Cambridge. CXLV (5). 12 de diciembre de 2014. Archivado desde el original el 15 de marzo de 2015.
  22. ^ Luego. "Grupo Durbin - Departamento de Genética". gen.cam.ac.uk.​ Consultado el 2 de enero de 2019 .
  23. ^ Anón (27 de septiembre de 2017). "Profesor Richard Durbin - Departamento de Genética". gen.cam.ac.uk.​ Consultado el 2 de enero de 2019 .
  24. ^ "Dr. Richard Durbin - Instituto Wellcome Trust Sanger". Archivado desde el original el 28 de febrero de 2012.
  25. ^ Durbin, publicaciones de Richard M. indexadas por la base de datos bibliográfica Scopus . (requiere suscripción)
  26. ^ Colección de archivos de Richard Durbin Entrada de Richard Durbin en el archivo de la Biblioteca Wellcome.
  27. ^ Publicaciones de Richard M. Durbin de Europa PubMed Central
  28. ^ Resultados de Richard M. Durbin en la Olimpiada Internacional de Matemáticas
  29. ^ "The BioInformer nr. 1, 1997 - Entrevista con el Dr. Richard Durbin". Archivado desde el original el 2 de octubre de 2011 . Consultado el 30 de julio de 2011 .
  30. ^ Durbin, RM; Quemaduras, R.; Moulai, J.; Metcalf, P.; Freymann, D.; Blum, M.; Anderson, JE; Harrison, Carolina del Sur; Wiley, CC (1986). "Cristalografía de proteínas, ADN y virus con un contador proporcional de imágenes enfocadas". Ciencia . 232 (4754): 1127–1132. Código bibliográfico : 1986 Ciencia... 232.1127D. doi : 10.1126/ciencia.3704639. PMID  3704639.
  31. ^ Durbin, R.; Willshaw, D. (1987). "Un enfoque analógico al problema del viajante utilizando un método de red elástica". Naturaleza . 326 (6114): 689–691. Código Bib : 1987Natur.326..689D. doi :10.1038/326689a0. PMID  3561510. S2CID  4321691.
  32. ^ Durbin, R.; Mitchison, G. (1990). "Un marco de reducción de dimensiones para comprender los mapas corticales". Naturaleza . 343 (6259): 644–647. Código Bib :1990Natur.343..644D. doi :10.1038/343644a0. PMID  2304536. S2CID  4352870.
  33. ^ c. Secuenciación de Elegans, C. (1998). "Secuencia del genoma del nematodo C. Elegans: una plataforma para la investigación de la biología". Ciencia . 282 (5396): 2012-2018. Bibcode : 1998Sci...282.2012.. doi : 10.1126/science.282.5396.2012. PMID  9851916.
  34. ^ Lander, ES ; Linton, M.; Birren, B.; Nusbaum, C.; Zody, C.; Baldwin, J.; Devon, K.; Dewar, K.; Doyle, M.; Fitzhugh, W.; Funke, R.; calibre, D.; Harris, K.; Heaford, A.; Howland, J.; Kann, L.; Lehoczky, J.; Levine, R.; McEwan, P.; McKernan, K.; Meldrim, J.; Mesirov, JP; Miranda, C.; Morris, W.; Naylor, J.; Raymond, C.; Rosetti, M.; Santos, R.; Sheridan, A.; et al. (febrero de 2001). «Secuenciación inicial y análisis del genoma humano» (PDF) . Naturaleza . 409 (6822): 860–921. Código Bib :2001Natur.409..860L. doi : 10.1038/35057062 . ISSN  0028-0836. PMID  11237011.
  35. ^ Simpson, JT; Durbin, R. (2011). "Ensamblaje eficiente de novo de genomas grandes utilizando estructuras de datos comprimidos". Investigación del genoma . 22 (3): 549–556. doi :10.1101/gr.126953.111. PMC 3290790 . PMID  22156294. 
  36. ^ Eilbeck, K.; Lewis, SE ; Mungall, CJ; Yandell, M.; Stein, L .; Durbin, R.; Ashburner, M. (2005). "La ontología de secuencia: una herramienta para la unificación de anotaciones del genoma". Biología del genoma . 6 (5): R44. doi : 10.1186/gb-2005-6-5-r44 . PMC 1175956 . PMID  15892872. 
  37. ^ Birney, E .; Durbin, R. (2000). "Usando GeneWise en el experimento de anotación de Drosophila". Investigación del genoma . 10 (4): 547–548. doi :10.1101/gr.10.4.547. PMC 310858 . PMID  10779496. 
  38. ^ Sonnhammer, ELL; Eddy, SR ; Durbin, R. (1997). "Pfam: una base de datos completa de familias de dominios de proteínas basada en alineaciones de semillas". Proteínas: estructura, función y genética . 28 (3): 405–420. doi :10.1002/(SICI)1097-0134(199707)28:3<405::AID-PROT10>3.0.CO;2-L. PMID  9223186. S2CID  9569028.
  39. ^ Hubbard, T .; Barker, D.; Birney, E .; Cameron, G.; Chen, Y.; Clark, L.; Cox, T.; Puño, J.; Curwen, V.; Abajo, T.; Durbin, R.; Eyras, E.; Gilbert, J.; Hammond, M.; Huminiecki, L.; Kasprzyk, A.; Lehvaslaiho, H.; Lijnzaad, P.; Melsopp, C.; Mongin, E.; Pettett, R.; Pocock, M.; Alfarero, S.; Óxido, A.; Schmidt, E.; Searle, S.; Pizarrero, G.; Smith, J.; Spooner, W.; Stabenau, A. (2002). "El proyecto de base de datos del genoma Ensembl". Investigación de ácidos nucleicos . 30 (1): 38–41. doi :10.1093/nar/30.1.38. PMC 99161 . PMID  11752248. 
  40. ^ Liti, G.; Carter, DM; Moisés, AM; Warringer, J.; Partes, L.; James, SA; Davey, RP; Roberts, IN; Burt, A.; Koufopanou, V.; Tsai, IJ; Bergman, CM; Bensasson, D.; O'Kelly, MJT; Van Oudenaarden, A.; Barton, DBH; Bailes, E.; Nguyen, AN; Jones, M.; Codorniz, MA; Buena cabeza, yo; Sims, S.; Smith, F.; Blomberg, A.; Durbin, R.; Luis, EJ (2009). "Poblaciones genómicas de levaduras salvajes y domésticas". Naturaleza . 458 (7236): 337–341. Código Bib :2009Natur.458..337L. doi : 10.1038/naturaleza07743. PMC 2659681 . PMID  19212322. 
  41. ^ Warringer, J.; Zörgö, E.; Cubillos, FA; Zia, A.; Gjuvsland, A.; Simpson, JT; Forsmark, A.; Durbin, R.; Omholt, suroeste; Luis, EJ; Liti, G.; Moisés, A.; Blomberg, A. (2011). Kruglyak, Leonid (ed.). "La variación de rasgos en la levadura está definida por la historia de la población". PLOS Genética . 7 (6): e1002111. doi : 10.1371/journal.pgen.1002111 . PMC 3116910 . PMID  21698134. 
  42. ^ Bentley, DR; Balasubramanian, S.; Swerdlow, HP; Smith, médico de cabecera; Milton, J.; Marrón, CG; Salón, KP; Evers, DJ; Barnes, CL; Bignell, recursos humanos; Boutell, JM; Bryant, J.; Carter, RJ; Keira Cheetham, R.; Cox, AJ; Ellis, DJ; Flatbush, señor; Gormley, NA; Humphray, SJ; Irving, LJ; Karbelashvili, MS; Kirk, SM; Li, H.; Liu, X.; Maisinger, KS; Murray, LJ; Obradovic, B.; Ost, T.; Parkinson, ML; et al. (2008). "Secuenciación precisa del genoma humano completo mediante química terminadora reversible". Naturaleza . 456 (7218): 53–59. Código Bib :2008Natur.456...53B. doi : 10.1038/naturaleza07517. PMC 2581791 . PMID  18987734. 
  43. ^ Li, H .; Durbin, R. (2011). "Inferencia de la historia de la población humana a partir de secuencias individuales del genoma completo". Naturaleza . 475 (7357): 493–496. doi : 10.1038/naturaleza10231. PMC 3154645 . PMID  21753753. 
  44. ^ "Medalla Gabor - Medallista Gabor 2017". La Sociedad Real. 2017 . Consultado el 10 de octubre de 2017 .
  45. ^ "Catálogo de Biblioteca y Archivo". Londres: La Royal Society . Consultado el 14 de noviembre de 2013 .