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Anders Krogh

Anders Krogh es bioinformático en la Universidad de Copenhague , [1] donde dirige el centro de bioinformática de la universidad . Es conocido por su trabajo pionero en el uso de modelos ocultos de Markov en bioinformática (junto con David Haussler ), [2] [3] [4] y es coautor de un libro de texto ampliamente utilizado en bioinformática. [5] Además, también fue coautor de uno de los primeros libros de texto sobre redes neuronales . [6] Sus intereses de investigación actuales incluyen el análisis de promotores , [7] [8] [9] ARN no codificante , [10] [11] [12] predicción de genes [13] [14] [15] y predicción de la estructura de proteínas . [16] [17] [18] [19] [20]

En 2017, Krogh fue elegido miembro de la Sociedad Internacional de Biología Computacional (ISCB). [21]

Véase también

Referencias

  1. ^ "Usuario:Krogh - BINF - Centro de Bioinformática". Archivado desde el original el 2011-09-02 . Consultado el 2011-04-14 .Profesor Anders Krogh, Centro de Bioinformática, Departamento de Biología Molecular, Universidad de Copenhague
  2. ^ Krogh A, Brown M, Mian IS, Sjölander K, Haussler D (1994). "Modelos ocultos de Markov en biología computacional. Aplicaciones al modelado de proteínas". J. Mol. Biol . 235 (5): 1501–31. doi :10.1006/jmbi.1994.1104. PMID  8107089.
  3. ^ Krogh A, Mian IS, Haussler D (1994). "Un modelo oculto de Markov que encuentra genes en el ADN de E. coli". Nucleic Acids Res . 22 (22): 4768–78. doi :10.1093/nar/22.22.4768. PMC 308529 . PMID  7984429. 
  4. ^ Sjölander K, Karplus K, Brown M, et al. (1996). "Mezclas de Dirichlet: un método para la detección mejorada de homología de secuencia de proteínas débil pero significativa". Comput. Appl. Biosci . 12 (4): 327–45. doi : 10.1093/bioinformatics/12.4.327 . PMID  8902360.
  5. ^ Durbin, Richard M. ; Eddy, Sean R. ; Krogh, Anders; Mitchison, Graeme (1998), Análisis de secuencias biológicas: modelos probabilísticos de proteínas y ácidos nucleicos (1.ª ed.), Cambridge, Nueva York: Cambridge University Press , ISBN 0-521-62971-3, OCLC  593254083
  6. ^ Introducción a la teoría de la computación neuronal (Estudios sobre las ciencias de la complejidad del Instituto Santa Fe). (1991) John A. Hertz, Richard G. Palmer, Anders Krogh, Westview Press
  7. ^ Marstrand TT, Frellsen J, Moltke I, et al. (2008). Copley R (ed.). "Asap: Un marco para las estadísticas de sobrerrepresentación de los sitios de unión de factores de transcripción". PLOS ONE . ​​3 (2): e1623. Bibcode :2008PLoSO...3.1623M. doi : 10.1371/journal.pone.0001623 . PMC 2229843 . PMID  18286180.  Icono de acceso abierto
  8. ^ Frith MC, Valen E, Krogh A, Hayashizaki Y, Carninci P, Sandelin A (2008). "Un código para la iniciación de la transcripción en genomas de mamíferos". Genome Res . 18 (1): 1–12. doi :10.1101/gr.6831208. PMC 2134772 . PMID  18032727. 
  9. ^ Bryne JC, Valen E, Tang MH, et al. (2008). "JASPAR, la base de datos de acceso abierto de perfiles de unión de factores de transcripción: nuevo contenido y herramientas en la actualización de 2008". Nucleic Acids Res . 36 (número de la base de datos): D102–6. doi :10.1093/nar/gkm955. PMC 2238834 . PMID  18006571. 
  10. ^ Lindow M, Jacobsen A, Nygaard S, Mang Y, Krogh A (2007). "El emparejamiento intragenómico revela un enorme potencial para la regulación mediada por miRNA en plantas". PLOS Comput. Biol . 3 (11): e238. Bibcode :2007PLSCB...3..238L. doi : 10.1371/journal.pcbi.0030238 . PMC 2098865 . PMID  18052543.  Icono de acceso abierto
  11. ^ Lindgreen S, Gardner PP, Krogh A (2007). "MASTR: alineamiento múltiple y predicción de la estructura de ARN no codificantes mediante recocido simulado". Bioinformática . 23 (24): 3304–11. CiteSeerX 10.1.1.563.7072 . doi :10.1093/bioinformatics/btm525. PMID  18006551. 
  12. ^ Lindgreen S, Gardner PP, Krogh A (2006). "Medición de la covariación en alineaciones de ARN: el realismo físico mejora las medidas de información". Bioinformática . 22 (24): 2988–95. doi :10.1093/bioinformatics/btl514. PMID  17038338.
  13. ^ Munch K, Krogh A (2006). "Generación automática de buscadores de genes para especies eucariotas". BMC Bioinformatics . 7 : 263. doi : 10.1186/1471-2105-7-263 . PMC 1522026 . PMID  16712739.  Icono de acceso abierto
  14. ^ Munch K, Gardner PP, Arctander P, Krogh A (2006). "Un enfoque de modelo oculto de Markov para determinar la expresión a partir de microarreglos de mosaico genómico". BMC Bioinformatics . 7 : 239. doi : 10.1186/1471-2105-7-239 . PMC 1481622 . PMID  16672042.  Icono de acceso abierto
  15. ^ Nielsen P, Krogh A (2005). "Predicción de genes procariotas a gran escala y comparación con la anotación del genoma". Bioinformática . 21 (24): 4322–9. doi : 10.1093/bioinformatics/bti701 . PMID  16249266.
  16. ^ Krogh A, Larsson B, von Heijne G, Sonnhammer EL (2001). "Predicción de la topología de proteínas transmembrana con un modelo oculto de Markov: aplicación a genomas completos". J Mol Biol . 305 (3): 567–580. doi :10.1006/jmbi.2000.4315. PMID  11152613.
  17. ^ Winther O, Krogh A (2004). "Enseñar a las computadoras a plegar proteínas". Phys. Rev. E . 70 (3): 030903. arXiv : cond-mat/0309497 . Bibcode :2004PhRvE..70c0903W. doi :10.1103/PhysRevE.70.030903. PMID  15524499. S2CID  103560.
  18. ^ Won KJ, Hamelryck T, Prügel-Bennett A, Krogh A (2007). "Un método evolutivo para aprender la estructura de HMM: predicción de la estructura secundaria de proteínas". BMC Bioinformatics . 8 : 357. doi : 10.1186/1471-2105-8-357 . PMC 2072961 . PMID  17888163.  Icono de acceso abierto
  19. ^ Hamelryck T, Kent JT, Krogh A (2006). "Muestreo de conformaciones proteicas realistas mediante sesgo estructural local". PLOS Comput. Biol . 2 (9): e131. Bibcode :2006PLSCB...2..131H. doi : 10.1371/journal.pcbi.0020131 . PMC 1570370 . PMID  17002495.  Icono de acceso abierto
  20. ^ Boomsma W, Mardia KV, Taylor CC, Ferkinghoff-Borg J, Krogh A, Hamelryck T (2008). "Un modelo generativo y probabilístico de la estructura local de las proteínas". PNAS . 105 (26): 8932–8937. Bibcode :2008PNAS..105.8932B. doi : 10.1073/pnas.0801715105 . PMC 2440424 . PMID  18579771. 
  21. ^ "13 de febrero de 2017: La Sociedad Internacional de Biología Computacional nombra a siete miembros como la Clase de Becarios ISCB de 2017". www.iscb.org . Consultado el 13 de febrero de 2017 .

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