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Ewan Birney

John Frederick William Birney (conocido como Ewan Birney) CBE FRS FMedSci [19] [20] (nacido el 6 de diciembre de 1972) [21] [11] [13] [14] es codirector del Instituto Europeo de Bioinformática del EMBL (EMBL-EBI), [22] [23] [24] en Hinxton , Cambridgeshire y subdirector general del Laboratorio Europeo de Biología Molecular (EMBL). [25] También se desempeña como director no ejecutivo de Genomics England , [26] presidente de la Alianza Global para Genómica y Salud (GA4GH) [27] [28] y profesor honorario de bioinformática en la Universidad de Cambridge . [29] Birney ha realizado importantes contribuciones a la genómica , a través de su desarrollo de innovadoras herramientas de bioinformática y biología computacional . [1] Anteriormente se desempeñó como miembro asociado de la facultad en el Wellcome Trust Sanger Institute . [30]

Educación

Birney recibió una educación privada en el Eton College como becario Oppidan . [13] [31] Antes de ir a la universidad, Birney completó una pasantía de un año sabático en el Laboratorio Cold Spring Harbor supervisado por James Watson [14] [32] y Adrian Krainer . [32] [33] [34]

Birney completó su Licenciatura en Artes en Bioquímica en la Universidad de Oxford en 1996, donde fue estudiante de pregrado en Balliol College, Oxford . [13] [14] [35] Completó su doctorado en el Instituto Sanger , supervisado por Richard Durbin [6] mientras era estudiante de posgrado en St John's College, Cambridge . [36] Su investigación doctoral utilizó programación dinámica , [37] máquinas de estados finitos y autómatas probabilísticos para la alineación de secuencias . [6]

Mientras era estudiante realizó pasantías en la oficina del Alcalde de Baltimore y también en servicios financieros sobre valoración de opciones para el Swiss Bank Corporation . [31] [32] [ ¿cuándo? ]

Investigación y carrera

Entre 2000 y 2003, Birney organizó una apuesta y sorteo científico conocido como GeneSweep , [38] [15] para la comunidad genómica, en el que se hacían apuestas sobre estimaciones del número total de genes (y ADN no codificante [39] ) en el genoma humano. [32] [40] [41]

Birney es uno de los fundadores del explorador de genomas Ensembl y otras bases de datos, y ha desempeñado un papel en la secuenciación del genoma humano en 2000 y en el análisis de la función del genoma en el proyecto ENCODE . [41] [42] Ha desempeñado un papel en la anotación de las secuencias del genoma del ser humano, [43] el ratón, [44] el pollo [45] y varios otros organismos. Su grupo de investigación se centra en la genómica computacional y las diferencias interindividuales en humanos y otros animales . [18] [22] [24] [39] [46] [47] [48] [49] [50] [51]

Birney es conocido por su papel en el consorcio ENCODE . [5] [41] [52] [53] [54] [55] [56] Antes del proyecto ENCODE, Birney ha estado involucrado en la creación de una serie de herramientas de bioinformática y biología computacional ampliamente utilizadas , ya sea directamente (PairWise, [57] GeneWise, [58] GenomeWise, [59] ), o en colaboración con estudiantes y posdoctorados , por ejemplo, Exonerate [60] (con Guy Slater), Enredo (Javier Herrero [61] ), Pecan (Benedict Paten [62] ), el ensamblador Velvet (Daniel Zerbino [63] ) y CRAM (Markus Hsi-Yang Fritz, [64] Rasko Leinonen [65] y Vadim Zalunin). Birney también ha contribuido a varios otros proyectos, incluida la base de datos Pfam [66] , InterPro , [67] BioPerl , [68] [69] y HMMER [70] y el proyecto de base de datos del genoma Ensembl . [71]

A partir de 2015 , el grupo de investigación de Birney se centra en algoritmos genómicos y en el estudio de las diferencias interindividuales, tanto en humanos como en otras especies. Ha supervisado a varios estudiantes de doctorado [72] e investigadores postdoctorales que han trabajado en su laboratorio. [73] [74] [75] [76] [64] [77 ] [78] [62] [79] [80] [81] [82] [83] Su investigación ha sido financiada por el Consejo de Investigación en Biotecnología y Ciencias Biológicas (BBSRC), el Consejo de Investigación Médica (MRC) [84], el Instituto Nacional de Investigación del Genoma Humano (NHGRI), [10] el Wellcome Trust y la Unión Europea . [85]

Birney se desempeña como consultor de Oxford Nanopore Technologies [86] y en el consejo asesor científico del Earlham Institute (anteriormente TGAC) en Norwich. [87] [88] Desde 2022, ha sido miembro del consejo directivo del Eton College . [89] También ha sido miembro de las juntas directivas del Consejo de Investigación en Biotecnología y Ciencias Biológicas (BBSRC), el Centro Alemán de Investigación del Cáncer (DKFZ), el Instituto de Investigación del Cáncer (ICR), el Instituto de Investigación del Cáncer de Ontario (OICR), el Instituto Pasteur y el Instituto Riken . [90]

Premios y honores

En 2002, Birney fue nombrado como uno de los 100 innovadores más importantes del mundo menores de 35 años según la revista MIT Technology Review TR100 . [91] En 2003, dio la conferencia inaugural Francis Crick en la Royal Society : [1] En 2005, la Sociedad Internacional de Biología Computacional (ISCB) le otorgó el Premio Overton por su defensa de la bioinformática de código abierto , sus contribuciones a la comunidad BioPerl y su liderazgo en el proyecto de anotación del genoma Ensembl. [2] En 2005, Birney recibió el Premio Benjamin Franklin en Bioinformática : [92]

Como lo expresaron sus nominadores, Birney ha sido una fuerza significativa en el Código Abierto en Bioinformática y ciencia. Ha sido un firme defensor de hacer que la información del genoma esté disponible gratuitamente para todos. Su trabajo como codirector del proyecto Ensembl ha hecho que la anotación genómica de alta calidad esté disponible gratuitamente en la web, evitando un sistema de clases de laboratorios que pueden y no pueden permitirse pagar tarifas de suscripción a datos privados. El proyecto ha trabajado duro para hacer que los datos estén disponibles de diversas maneras para que sean accesibles y fácilmente disponibles para la minería. El proyecto Ensembl ha sido de código abierto desde el principio, lo que permite a los investigadores y corporaciones por igual reutilizar y extender el sistema de software. Birney también ha sido un defensor de la ciencia abierta . Junto con Sean Eddy , criticó las decisiones de las revistas de permitir que se publiquen artículos sin publicar los datos de la secuencia del genoma al mismo tiempo. También es el autor del paquete de herramientas Wise de libre acceso, que son partes importantes de los procesos de anotación del genoma. Se desempeña como codirector del kit de herramientas de bioinformática de código abierto Bioperl y también cofundó y actualmente se desempeña como presidente de la Fundación Open Bioinformatics , una organización que apoya el desarrollo de varios kits de herramientas de bioinformática.

Birney fue galardonado como miembro de la Organización Europea de Biología Molecular (EMBO) [3] en 2012 [4] y elegido miembro de la Royal Society (FRS) en 2014. [ 9] [1] Su certificado de elección y candidatura dice: [19]

Ewan se ha convertido en una fuerza en genómica debido a su innovación en el análisis del genoma, tanto en análisis algorítmicos como integrativos. Escribió el primer programa de alineamiento de proteínas tolerante a errores y consciente del empalme , utilizado en el análisis del genoma humano y posterior; fue coautor de uno de los primeros y más utilizados ensambladores de lectura corta . En términos de integración de datos , Ewan ha liderado el análisis en muchos consorcios genómicos, en particular ENCODE , liderando la integración de muchos ensayos genómicos; por ejemplo, haciendo predicciones sólidas de potenciadores , promotores y su integración con regiones asociadas a enfermedades. También co-desarrolló muchos recursos bioinformáticos ampliamente utilizados.

Birney ha sido galardonado con el título de Doctor Honoris Causa en Ciencias (DSc): en 2014 por la Universidad Brunel de Londres [93] y en 2021 por la Universidad de Tartu , [94] Estonia . En 2015, Birney fue elegido miembro de la Academia de Ciencias Médicas (FMedSci). [20] Birney fue nombrado Comandante de la Orden del Imperio Británico (CBE) en los Honores de Año Nuevo de 2019. [ 95] [7]

Vida personal

Birney se casó en 2003 [18] y tiene dos hijos. [13]

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