Como comandante interino de brigada, Wheeler quemó los puentes sobre el río Tuscumbia para cubrir la retirada confederada hacia Tupelo, Misisipi.Durante los combates en La Vergne, Tennessee, Wheeler fue herido por un proyectil que explotó cerca de él.Wheeler y sus tropas continuaron oponiéndose a Sherman durante la Campaña de Carolinas.Mientras intentando cubrir la huida del presidente confederado Jefferson Davis, Wheeler fue capturado en Conyer's Station.[8] Wheeler no compitió para la reelección en 1882, pero fue elegido otra vez en 1884, y fue reelegido siete veces antes de renunciar en 1900.En 1898, Wheeler, a los 61 años de edad, se presentó para la guerra hispano-estadounidense, y fue nombrado mayor general por el presidente William McKinley.Se le ordenó no enfrentarse al enemigo antes de que el desembarco estadounidense ya hubiera terminado.Wheeler pidió la ayuda de las fuerzas cubanas en un ataque inmediato, pero su comandante se negó.Los españoles lograron detener el avance estadounidense, y continuó su retirada hacia las defensas externas de Santiago según sus planes originales.Wheeler enfermó seriamente durante la campaña y entregó el mando al general de brigada Samuel S. Sumner.Wheeler zarpó a las Filipinas para luchar en la guerra filipino-estadounidense, llegando allí en agosto de 1899.Durante este periodo, Wheeler fue sacado del servicio voluntario y comisionado como general de brigada en el ejército regular.Wheeler escribió varios libres sobre historia y estrategia militar, así como sobre temas civiles.
