La parte occidental de Nuevo México vino del Tratado de Guadalupe Hidalgo en 1848, mientras el resto oriental de Nuevo México (del Río Grande hasta la frontera actual de Nuevo México-Texas) provino del Compromiso de 1850.

La venta de La Mesilla de 1853 añadió una pequeña área adicional al Territorio de Nuevo México —la franja meridional de Arizona y Nuevo México—.

[1]​[2]​ El territorio original en 1850 era la porción occidental de estado actual más la mayor parte de la futura Arizona (conocido como el Condado de Santa Ana), un pedazo de Colorado y otro de Nevada al sur del paralelo 36°30′ N. La cesión texana y la venta de La Mesilla ampliaron el territorio enormemente, pero el establecimiento del Territorio de Colorado el 28 de febrero de 1861 y del Territorio de Arizona el 24 de febrero de 1863 (al oeste del meridiano 109) dejó a Nuevo México con sus límites actuales.

[3]​ Como parte de la ruta hacia California, Nuevo México y Arizona fueron territorio disputados durante la guerra de Secesión.

Los colonos de la parte sur se unieron voluntariamente a los Estados Confederados de América ya en 1861.