Muy poco tiempo después de comenzar a trabajar con Müller, tuvo su primer éxito.
Dos años más tarde, logró aislar el principio activo, que llamó «pepsina».
Su método consistía en exponer un caldo esterilizado (hervido) solo con aire caliente en un tubo de vidrio.
En 1839, Schwann se familiarizó con la investigación microscópica de Matthias Schleiden en las plantas.
En este trabajo, Schwann demostró que «la gran barrera entre el reino animal y el reino vegetal, a saber, la diversidad de la estructura definitiva, desaparece», estableció la teoría de la célula.
Schwann también contribuyó a la comprensión y clasificación de los tejidos del animal adulto.
Esta generalización del parentesco estructural esencial de todo ser vivo se le había negado durante siglos por la antigua doctrina aristotélica de las almas vegetales y animales.