Es una de las tres peptidasas principales del aparato digestivo humano, junto con la tripsina y la quimotripsina.

[1]​ La pepsina es producida por las células principales de las glándulas gástricas como una proenzima, el pepsinógeno, quien por efecto del pH ácido se hidroliza y adquiere su capacidad enzimática.

Actúa principalmente sobre enlaces peptídicos de naturaleza hidrófoba, preferentemente aromáticos.

[cita requerida] Es la enzima que degrada los polipéptidos y obtiene oligopéptidos.

Las proteasas pancreáticas (tripsina, quimotripsina, carboxipeptidasa y aminopeptidasa) degradarán estos hasta aminoácidos.