The WarChiefs añade tres nuevas civilizaciones nativas americanas: los iroqueses, los sioux, y los aztecas.
Los edificios de las aldeas y ciudades nativas no pueden ser atacados, pero todo eso cambiará en la expansión.
Los Aztecas tienen a su metrópoli de donde recibir refuerzos mientras que los Sioux y los Iroqueses tienen consejos tribales.
En el juego aparecen nuevas tribus nativas minoritarias que remplazan a las ex civilizaciones Minoritarias del juego original, estas son: los sioux que serán sustituidos por los Cheyenne, los iroqueses por los hurón y los aztecas por los zapotecas.
Estando en la Edad Industrial, si juegas con una metrópolis europea u otomana, se te dan 2 alternativas: Avanzar a la Edad Imperial de forma normal; o bien, por una cantidad de recursos mucho menor, iniciar una "Revolución" que convertirá a la colonia en un país americano con su debido líder, que dará una bonificación determinada.
Ya no se pueden crear más colonos o pesqueros (de estos últimos se conservan los que el jugador tenía antes del inicio de la revolución) lo que afecta gravemente la economía del jugador revolucionario.
Sin embargo, son emboscados, y luego se dirigen a un pueblo oneida cercano.
Negándose a aceptar la derrota, Kuchler conduce un ataque suicida contra Nathaniel y es asesinado.
Con la revolución ganada, Nathaniel regresa a casa como un hombre pobre por haber gastado su fortuna en el ejército.
Durante el video introductorio de la campaña (donde Nathaniel está en Yorktown), el "Viejo Focha" del tercer acto (Morgan Black) del juego anterior, se le puede ver observando la victoria de su biznieto.
Chayton sigue del lado de Holme, y defiende a sus trabajadores, ya que deben recoger leña para construir un fuerte.
Aunque recibe la orden de destruir una aldea sioux a pesar de que éstos no les hayan hecho nada, se vuelve contra Holme y, aliándose con los sioux, destruye el fuerte.
Sin embargo Chayton es más rápido y logra dispararle a Holme, que cae por un pozo de la mina.
Chayton luego trata de convencer al General Custer de no atacar a los sioux en Little Big Horn, pero Custer se rehúsa porque Chayton ha demorado más del tiempo que le había concedido.
Custer le dice a Chayton que ya no puede nadar entre dos aguas, exigiéndole decidir si es blanco o indio.