Sus acciones en España, consideradas extremas por el canciller Otto von Bismarck, le llevaron a un consejo de guerra.
[3] En 1849 Werner llegó a ser oficial en la alemana Reichsflotte (Marina Imperial), que había sido organizada el año anterior.
[2] La Preussische Marine aceptó únicamente a diez solicitantes al cuerpo de oficiales ese año y Werner fue el único de ellos que ingresó directamente como teniente, mientras que los nueve restantes lo hicieron como oficiales cadetes.
Mientras comandaba el buque de guerra SMS Elbe[5] participó en la expedición naval a las Indias Orientales, entre 1859–1862.
[8] El 15 de junio Werner y su escuadra ayudaron a los 13 500 hombres bajo el mando del General Edwin Freiherr von Manteuffel en su cruce del río Elba y el asalto a la ciudad de Hanóver.
[8][9] Tras la guerra Austro-Prusiana se dio a Werner el mando del Puerto de Danzig, puesto en el que permaneció hasta 1873.
[10] En 1870, al iniciarse la Guerra Franco-Prusiana, se otorgó a Werner el mando de un nuevo ironclad, el SMS Kronprinz.
Los buques se unieron a la escuadra británica, que patrullaba la costa sudeste de España.
Tras esta última acción el SMS Friedrich Carl retornó a Alemania con Werner apartado del mando.
[23] El canciller Otto von Bismarck ordenó un consejo de guerra contra el almirante Werner, cuyas acciones consideró excesivas.
Además, Bismarck prohibió a la Marina Imperial alemana actuar según la «diplomacia de cañonero» en el futuro.
[10] Tras dejar la Armada Werner se convirtió en escritor y ardiente partidario de la expansión naval alemana.
[28] Continuó con su enfrentamiento con Stosch, llevándolo tan lejos como para aliarse con Otto von Bismarck, que había intentado encarcelarlo cinco años antes por su conducta en España.