Es mejor conocido por dirigir Puella Magi Madoka Magica y su posterior trilogía cinematográfica junto a Akiyuki Shinbo, esta última trilogía que posteriormente recaudó 2 mil millones de yenes, convirtiéndola en un éxito de taquilla.
En Shaft, rápidamente se convirtió en un director destacado junto a Akiyuki Shinbo, Shin Ōnuma y Tatsuya Oishi.
En 2008, debutó en una serie como director jefe de unidad con (Zoku) Sayonara Zetsubō Sensei junto a Shinbo.
[13] Miyamoto se describió a sí mismo como un "hereje" en Shaft: alguien que, en una compañía de muchos directores diferentes, sólo es bueno haciendo "trabajos sencillos" y no es particularmente original o creativo.
[14] Debido a esto, Shinbo ha dicho que Miyamoto es un director cuyo trabajo muchas veces supera sus expectativas.