Saeki comenzó a trabajar como animador intermedio con Gainax, que fue un papel que continuó en las películas posteriores de la serie Evangelion, Death & Rebirth y The End of Evangelion.

[1]​[2]​ En 1998, el episodio 25 de Cyber Team in Akihabara marcó su debut como guionista gráfico,[3]​ y el año siguiente marcó su debut como director de episodios y su debut como guionista con Kare Kano,[4]​[5]​ donde el entonces director de Gainax, Hiroyuki Imaishi, describió que ambos habían "aprendido nuestras habilidades".

[6]​ En 2002, Saeki trabajó como asistente de dirección con Hiroyuki Yamaga para la segunda temporada de Mahoromatic, Mahoromatic: Something More Beautiful, que marcó su primer trabajo con Shaft.

[9]​ En los años siguientes, Saeki trabajó principalmente como guionista gráfico, guionista y director de episodios para las series de Shaft y Gainax, y en particular se convirtió en un miembro esencial del equipo de Hiroyuki Imaishi en Gurren Lagann.

Entre 2011 y 2016, Saeki actuó como director de serie en tres proyectos más con Gainax (Hōkago no Pleiades (2011/2015),[10]​[11]​ Medaka Box (2012),[12]​ y Omoi no Kakera (2015).