La historia gira en torno a las Witches, chicas con poderes mágicos.
Las Witches son mujeres jóvenes con alto potencial mágico que son reclutadas en las fuerzas armadas de todo el mundo para luchar contra los Neuroi, que comenzaron a invadir el territorio de los humanos en el año 1939.
Estos enemigos aparecieron con frecuencia y sin previo aviso en muchas zonas del mundo a lo largo de la historia.
Las modelos de los Neuroi toman formas similares a aeronaves, pero su táctica más preocupante es la difusión de un miasma corrosivo, similar a un rayo láser rojo.
No sólo los humanos normales no tienen defensa contra este miasma, sino que los restos de los terrenos afectados por el miasma son procesados por el Neuroi en nuevas armas y modelos, sumergiendo amplios sectores de las antiguas naciones destruidas en el mar.
También se creó un campo de defensa que puede proteger a las Witches del miasma Neuroi.
Strike Witches tiene lugar en una versión alterada de la Tierra, asolada por los Neuroi.
Incluso los países que no han sido invadidos tienen su geografía drásticamente alterada.
Las naciones de los personajes principales del anime se basan en las principales potencias mundiales de la época, aunque con nombres diferentes y territorios alterados.
Japón es conocido como Imperio Fuso, los Estados Unidos de América como los Estados Unidos de Liberion, Alemania y Polonia como el Imperio Karlsland, Francia como Gallia, Gran Bretaña e Irlanda como la Comunidad de Britannia, Austria y Hungría como Ostmark, la Unión Soviética como el Imperio Orussia, Italia moderna se divide entre los ducados de Romagna y Venezia, Finlandia como Suomus, Noruega, Suecia y Dinamarca como Baltland, España como Hispania, Rumanía como Dacia, Bulgaria como Moesia, Canadá como Faraway Land, y Argentina como Neue Karlsland.
Aunque físicamente el control y la técnica puede mejorar, esto les gasta energía hasta que se pierde completamente en torno a los 20 años.
Sin embargo, debido a que su padre murió en la guerra, ella está en contra de la lucha.
Su tarea habitual es la formación de nuevos reclutas, y este papel se convierte en una disciplina muy estricta.
El primero, Strike Witches: Suomus Misfits Squadron (ストライクウィッチーズ: いらん 子中 隊 Sutoraiku Witchīzu: Iranko Chūtai), fue escrita por Noboru Yamaguchi e ilustradas por Hashigo Ueda.
Un cuarto volumen, originalmente previsto para la primavera de 2009, está en producción.
La segunda, titulada Strike Witches: Maidens' Volume (ストライクウィッチーズ: 乙女 ノ 巻 Sutoraiku Witchīzu: Otome no Maki), fue escrito por Hidehisa Nanbo e ilustrado por Hashigo Ueda.
Strike Witches: Witch en África Fue originalmente destinado a ser incluido en los folletos de anime en DVD, pero debido a una reducción en el tamaño del folleto, fue publicado como un dōjinshi.
"Strike Witches: To Do What I Can" (ストライクウィッチーズ ~ わたし に できる こと ~, Sutoraiku Witchīzu ~ Watashi ni Dekiru Koto ~?
"Lili Marleen" (リリーマルレーン, Ririi Marureen) Se utiliza como de inserción para el episodio 8, traducido por Takaaki Suzuki, e interpretada por Minna-Dietlinde Wilck (Rie Tanaka).