Un hermano mayor de Yoshitsune, Minamoto no Yoritomo, fundó ese mismo año el shogunato Kamakura, el primero del país, que marcó la transición del poder de las clases cortesanas a las guerreras y se convirtió en un poder alterno que rivalizó al del emperador de Japón, que quedó relegado como dirigente ceremonial y religioso durante los setecientos años siguientes.
Nació poco antes de la Rebelión Heiji de 1159, en la que los clanes Minamoto y Taira, enconados rivales ya que tenían el mismo origen imperial, buscaron obtener influencias en la Corte Imperial en Kioto, respaldando los Minamoto al enclaustrado emperador Go-Shirakawa y los Taira al emperador Nijō; la rebelión, sin embargo, fue sofocada rápidamente por los Taira.
Yoshitsune, teniendo ya veinte años, se enteró de que su hermano perdido Yoritomo, ahora convertido en líder del clan, estaba luchando en dichas batallas.
Durante las Guerras Genpei, Yoshitsune conoció a Saitō Musashibō Benkei, un hábil y fuerte sōhei (monje budista guerrero) de Kioto y cuyo nombre es un tópico importante dentro del folklore japonés.
En su milésimo duelo, Yoshitsune venció a Benkei; entonces este se convirtió en vasallo y buen amigo de Yoshitsune y peleó a su lado durante el resto de su vida.
Evidentemente Yoritomo no deseaba que su primo se apoderara del poder del país, por ende este envió a Yoshitsune a Kioto para controlar lo que Yoritomo consideraba como una rebelión.
Esta fue la primera victoria táctica de Yoshitsune en una batalla y logró frustrar las aspiraciones del nuevo shōgun.
Entonces Yoritomo obtuvo el respaldo del enclaustrado emperador Go-Shirakawa, y se consumó la reunificación de ambas facciones del clan, que se centró en el objetivo de derrotar a los Taira.
La fortaleza de Ichi-no-Tani estaba reforzada con dos pequeños fuertes, Mikusuyama, al norte, e Ikuta no Mori, al oeste, y la parte trasera de la fortaleza estaba protegida por una elevación; para poder atacar Ichi-no-Tani, primero debían atacarse los fuertes que la rodeaban.
Sin embargo, durante esta etapa se comenzó a deteriorar la relación con su hermano Yoritomo.
En esta batalla, Kajiwara Kagetoki, un samurái aliado discutió intensamente con Yoshitsune acerca de cuál debía ser la estrategia del combate y provocó un incidente que desacreditó a Yoshitsune en el futuro.
En esa época Yashima estaba separada del resto de la isla por un estrecho canal que podía cruzarse a caballo durante la marea baja.
En ese momento comenzó la batalla en el canal y Taira no Munemori se dio cuenta de que las fuerzas de Yoshitsune en el mar eran menores a las que creían en un principio.
Aunque los Taira poseían solamente quinientas, eran conscientes de que debían luchar hasta la muerte, pues no tenían escapatoria.
Los Taira se habían dividido en tres escuadras, mientras que los Minamoto estaban apostados en un solo grupo, con los arqueros listos.
Entonces Yoshitsune centró el ataque en dicha nave; muchos combatientes del clan Taira se suicidaron antes de ser derrotados por los Minamoto.
En esta acción suicida se encontraban la viuda de Taira no Kiyomori y su nieto, el emperador Antoku, que con apenas seis años tuvo una muerte abrupta, lanzándose al océano.
Después de las Guerras Genpei, Yoshitsune se alió con el enclaustrado emperador Go-Shirakawa para rebelarse contra su hermano Yoritomo.
En el templo shinto Shirahata Jinja en Fujisawa se honra la memoria de Yoshitsune.