Es extensamente quelada por proteínas anfitrionas como lactoferrina y ferritina; así, las moléculas siderofóricas del patógeno presentan una afinidad incluso más alta para el catión Fe3+ que estas proteínas para adquirir hierro biodisponible.
La yersiniabactina es una estructura tetracíclica constituida por tres anillos de tiazol y una de benceno Según cristalografía de radiografía, esta molécula se coordina al catión férrico a una proporción 1:1 complejo por tres pares electrónicos de nitrógeno y tres del oxígeno lo que le confiere una geometría octaédrica distorsionada al compuesto de coordinación.
La YbtS sintetiza salicilato a partir del corismato, el cual es entonces adenilado por la subunidad YbtE y transferida al complejo de ensamble HMWP2–HMWP1.
[4] La YbtT tioesterasa concluye hidrolizando el producto del tioéster.
Debido a su alta afinidad para hierro, la yersiniabactina puede solubilizar al metal coordinado a las proteínas anfitrionas y transportarlo al interior de la membrana bacteriana.