Se muestran los enlaces químicos dentro de la molécula, ya sea explícitamente o implícitamente.
[1] Hay tres representaciones que se usan habitualmente en las publicaciones: fórmulas semidesarrolladas, diagramas de Lewis y en formato línea-ángulo.
Otros diversos formatos son también usados en las bases de datos químicas, como SMILES, InChI y CML.
Los diagramas de Lewis son usados sobre todo para moléculas lineales pequeñas o con compuestos inorgánicos.
Existen varios métodos para representar la estructura u ordenación tridimensional de los átomos en una molécula.
[5] Estas proyecciones son las más próximas a la realidad para este tipo de compuestos.
Otros átomos distintos del C y el H o grupos radicales (R) deben escribirse de modo explícito.