[1] Los PKS pueden ser clasificados en tres grupos:[1] Las PKS Tipo I son subdivididas en: Las PKS iterativas pueden ser divididas a su vez en: Dado que las policétido sintasas están relacionadas con las ácido graso sintasas (FAS), se explicarán éstas primero (V. Biosíntesis de ácidos grasos): Una ácido graso sintasa (FAS) es un complejo multienzimático que realiza primero una condensación tipo Claisen con descarboxilación entre una unidad de malonilo unido a una subunidad de una proteína acarreadora de acilos (PAA o en inglés ACP) y un sustituyente acetilo unido a la enzima.
En el caso de las FAS, se lleva a cabo una reducción biológica del grupo carbonilo de β-cetoácido hasta un grupo metileno, primero reduciendo al alcohol (Ceto reductasa, KR), deshidratando el alcohol formado (Deshidratasa, DH) e hidrogenando el alqueno (Enoil reductasa, ER).
Cada unidad produce una elongación de la cadena:[1] Las PKS iterativas utilizan los mismos dominios catalíticos que las modulares, con la excepción de que todo el proceso se lleva a cabo en un solo polipéptido que es utilizado repetitivamente para generar el policétido precursor completo:[1] Las PKS tipo II sólo contienen dos dominios KS, KSα y KSβ.
Las PKS tipo II iterativas efectúan condensaciones de Claisen sucesivas, sin reducir el grupo ceto formado.
Así, se forman precursores denominados ácidos poliacéticos: Las PKS tipo III también producen cetoácidos, pero contienen múltiples dominios catalíticos y utilizan un mecanismo distinto a la proteína acarreadora de acilos (ACP).