Mignolo nació en la llamada pampa gringa (provincia de Córdoba, Argentina).
En 1995 publica su libro The Darker Side of the Renaissance, que lo dio a conocer mundialmente en el campo de los estudios poscoloniales y subalternos, así como en el ámbito de la Filosofía latinoamericana, debido a sus constantes referencias a la obra de filósofos como Edmundo O'Gorman, Rodolfo Kusch, Leopoldo Zea y Enrique Dussel.
Esta se convertiría en una de las tesis centrales del Grupo modernidad/colonialidad, en cuya formación Mignolo cumplió un papel clave.
El grupo estaba conformado por figuras de la intelectualidad académica latinoamericana como Aníbal Quijano, Enrique Dussel, Arturo Escobar, Santiago Castro-Gómez, Edgardo Lander y otros.
Desde 1993 trabaja en la Universidad de Duke (Estados Unidos), donde actualmente es director del Instituto Franklin para estudios interdisciplinarios e internacionales.