Más tarde, el Comité Interestatal de Aviación con sede en Moscú dictaminó que el accidente fue causado por un ataque accidental con un misil S-200 ucraniano durante los ejercicios de entrenamiento militar realizados frente al Cabo Opuk en Crimea.
Las evaluaciones privadas iniciales realizadas por oficiales militares estadounidenses determinaron que el accidente fue causado por un misil S-200 que había sobrepasado su dron objetivo, que había sido destruido con éxito por un S-300 disparado al mismo tiempo, y en lugar de autodestruirse, bloqueó en el avión de pasajeros a unos 250 kilómetros (160 millas) más lejos y detonó a 15 metros (50 pies) sobre el avión.
Los funcionarios rusos rechazaron la afirmación estadounidense como "indigna de atención", y el presidente ruso, Vladímir Putin , dijo a la prensa al día siguiente que "las armas utilizadas en esos ejercicios tenían tales características que les imposibilitan llegar al corredor aéreo a través de que se movía el avión".
Sin embargo, algunos funcionarios ucranianos admitieron más tarde que su ejército probablemente había derribado el avión.
Al comentar sobre el acuerdo, el general Oleksandr Kuz'muk, el exministro de defensa que perdió su trabajo después del accidente, dijo a los medios que "los pagos fueron una acción humana, no la admisión de culpabilidad".
Algunos familiares de las víctimas del accidente se negaron a aceptar la compensación ofrecida por Ucrania.
Presentaron una demanda civil contra el gobierno ucraniano ante el tribunal local de Pechers'ky en Kiev .
La decisión judicial entra en conflicto con el informe del grupo IAC que había investigado el accidente en nombre de Rusia.