Para su mantenimiento está en funcionamiento un taller Renfe Integria en Jerez de la Frontera.
Esta obra se ejecutó en tiempo récord y la nueva estación principal de Cádiz quedó desplazada unos metros hacia el sur, alejándose ligeramente del centro de la ciudad.
Al reabrirse se incluyeron nuevas estaciones en la ciudad de Cádiz: San Severiano y Estadio, quedando el esquema de la siguiente manera: Cádiz · San Severiano · Segunda Aguada · Estadio · Cortadura.
Renfe estableció un servicio de cercanías entre las cinco paradas; pero las bajas frecuencias y el alto precio del tren en comparación con el autobús urbano provocaron la suspensión del mismo, siendo sustituido por trenes de refuerzo entre Cádiz y San Fernando.
Durante 2006 comienza a construirse una nueva estación central en El Puerto de Santa María y que sustituiría a la antigua que fue demolida poco después.
En 2008 se comenzó a construir un nuevo apeadero en Valdelagrana, en el mismo término municipal.
La estación principal de San Fernando es clausurada procediendo a la demolición del edificio y los andenes, usándose un andén provisional construido unos 200 m antes de la misma en sentido Cádiz.
Con esta adjudicación todos los tramos del trayecto entre Sevilla y Cádiz se encontraba en obras o finalizados.
Dispondrá de dos andenes de 160x4 metros, con dos marquesinas, 4 vías (2 generales y 2 apartados), un paso inferior para unir ambos andenes y un vestíbulo que unirá la estación con la ampliación del aparcamiento del aeropuerto.
2018: Se presenta un informe al estado, para la construcción de tres nuevos apeaderos en Jerez.
Uno en Sementales (Feria), otro en Palos Blancos (Hipercor) y otro en la ciudad del transporte (Guadalcacín, pedanía de Jerez).
Con respecto a los informes de los apeaderos que durante años se han venido demandado desde Jerez, el Ministerio ha señalado que se materialice un encuentro a nivel técnico para establecer y acordar la ubicación más óptima y poder empezar a ver una redacción del proyecto y ha expresado su máximo interés en reactivar un tema que el anterior gobierno había dejado sin tramitar.
Ya están acabados los subtramos Sevilla-Utrera, Jerez-Puerto de Santa María y Bahía Sur-Cádiz.