En la actualidad, junto a su variante C-1a, es la única línea en servicio que conforma el núcleo de Cercanías de Cádiz.
En el año 2000 se iniciaron las obras de colocación subterránea de la línea ferroviaria que conduce a Cádiz para permitir el doble trazado y crear un nuevo parque lineal en la ciudad[1].
Durante 2006 comienza a construirse una nueva estación central en El Puerto de Santa María y que sustituiría a la antigua que fue demolida poco después.
En 2008 se comenzó a construir un nuevo apeadero en Valdelagrana, en el mismo término municipal.
La estación principal de San Fernando es clausurada procediendo a la demolición del edificio y los andenes, usándose un andén provisional construido unos 200 m antes de la misma en sentido Cádiz.