En 1888 el Secretario de Estado Mauro Fernández Acuña decide cerrar la Universidad, pues se consideraba que la Universidad no estaba correctamente organizada y que era más importante fortalecer la educación media, antes de enfocarse en la formación superior.
En lugar de la universidad se pensaba crear Escuelas Superiores Profesionales, que no llegaron a abrirse.
En 1890, por iniciativa del antiguo Rector Félix Arcadio Montero Monge, se derogó el decreto que cerraba la Universidad, pero esta nunca llegó a reabrirse.
La nueva casa de estudios retoma el escudo utilizado por su predecesora: un óvalo sobre un fondo azul claro, una montaña y un girasol mirando hacia el sol naciente.
La inscripción del escudo es Lucem Aspicio («En búsqueda de la luz»).