Fue hijo de Francisco Javier Sáenz y Ulloa (1794-1842), firmante del Acta de Independencia de Costa Rica y María Margarita Llorente y Lafuente (1800-1883), hermana del obispo Anselmo Llorente y Lafuente.
Se casó en 1858 con Marcelina Esquivel y Fernández (1843-1907), de cuyo matrimonio nacieron, entre otros hijos, José Carlos Sáenz Esquivel, vicecanciller de Costa Rica de 1891 a 1892 y Miguel Sáenz Esquivel.
Fue hermano del médico y político Andrés Sáenz Llorente.
A instancias suyas se abrió a la ciudadanía la Biblioteca Universitaria, primera de carácter público que hubo en Costa Rica.
Tuvo una larga y distinguida carrera en el Poder Judicial.