Lema: Veritatem Quaerentes in Charitate Christi (Buscadores de la verdad en la Caridad de Cristo) La primera universidad de orientación católica del país fue la Universidad de Santo Tomás, la cual fue creada en 1843 mediante decreto 11 del gobierno del Sr.

Esa universidad se estableció sobre la base de la preexistente Casa de Enseñanza de Santo Tomás, fundada desde 1814 por el Obispo Diocesano de Costa Rica y Nicaragua don Nicolás García Jerez.

En 1888 el Secretario de Estado Mauro Fernández Acuña decide cerrar la Universidad, pues consideraba más importante fortalecer la educación media, antes de enfocarse en la formación universitaria.

Actualmente cuenta con cinco sedes en el país e imparte carreras en las áreas de Filosofía y Humanidades, Teología, Psicología, Administración de Empresas, Ingeniería de Sistemas y Pedagogía.

La Universidad está organizada por medio de tres Direcciones Generales: la Administrativa, la Académica y la de Vida Estudiantil.