A este Colegio se subordinaría una universidad, aprobada por el papa Inocencio VIII en 1489, que finalizó su actividad académica en 1824.Con el profesor Pedro Ciruelo la universidad obtuvo prestigio como centro de enseñanza.El rector Francisco Delgado López, que fue obispo de Lugo, siguió con ese relativo esplendor.Así pues, en su versión completa estaba dotada con cátedras de Artes, Cánones, Leyes, Medicina y Teología.[8] En la actualidad, el edificio se ha convertido en Palacio Episcopal, que también aloja las oficinas de la curia diocesana.Cuenta con una doble escalinata de acceso a la entrada principal, realizada en época neoclásica aunque mantiene elementos barrocos en su austera decoración.La escalera se cubre con una magnífica cúpula policromada en la que aparecen ocho animales de perfil -entre ellos el unicornio- rodeando el blasón del promotor del edificio (el benemérito Santos de Risoba).[9] Junto a este edificio están el Monasterio y la iglesia de los Jerónimos, orden que tuteló la Universidad hasta 1835.
Retrato del doctor Juan Martínez Serrano (
Zurbarán
1631-40) catedrático de Vísperas (1627-1637) y posteriormente de Prima (1637 y 1653). Era magistral de Sigüenza.