Cuando se hallaba en Benavente (1581), fue condenado por el capítulo de su orden al exilio en el monasterio de San Miguel del Monte o de la Morcuera (Miranda de Ebro), debiendo desplazarse hasta allí a pie, por haber mandado talar sin permiso unos árboles, condena que le fue levantada en 1591 por intercesión real.

),[2]​ hermano del famoso conquistador Ñuflo de Chaves.

Escribió una de las biografías sobre Santa Teresa que se ha conservado y estudiaron Fidel Fita y José Gómez-Centurión.

Sus restos mortales descansan en la iglesia del convento de carmelitas descalzas de Santa Ana de Tarazona que él mismo fundara durante su mandato, en cumplimiento de la promesa hecha a la santa abulense cuando la encontró en Osma en 1581 camino del exilio.

También durante su gobierno en la diócesis aragonesa, mandó edificar una capilla en honor a san José en el monasterio en que se ordenara, de Santa María de la Sisla de Toledo, adornada posteriormente con las reliquias de santa Teresa que a esa casa él mismo donara.