[2] Hijo de los judeoconversos Francisco Zapata y Clara de Mercado, a los catorce años vio como sus padres eran procesados por la Inquisición y su madre condenada; se requisaron los bienes de la madre, aunque fue liberada y pudo volver al hogar.Los Diálogos filosóficos en defensa del atomismo del fraile mínimo Juan de Nájera, publicadas con el pseudónimo Alejandro de Avendaño (1716) iban precedidos de una extensísima "censura" de Zapata que defendía las nuevas corrientes filosóficas, donde se declara antiaristotélico en cuanto a filosofía natural y opone a la misma la nueva física y los criterios empíricos, considerando inútiles las formas sustanciales.Esta obra fue publicada en varios idiomas y tuvo el honor de ser prohibida por la Inquisición, que la colocó en su Index librorum prohibitorum.[5] Francisco de Goya le dedicó una acuarela en que aparece encarcelado y con cadenas, con el título "Zapata, tu gloria será eterna".Existe un Proyecto Zapata desarrollado por la Institución Milá y Fontanals del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC).
