Al regreso, una desobediencia formal agravó la situación de Voorhees: mientras se encontraba navegando cerca del Ecuador, se jactó ante su lugarteniente David Dixon Porter que desobedecería sus órdenes y en lugar de dirigirse a Norfolk (Virginia) navegaría en línea recta a Annapolis, donde su esposa y su influyente familia política le esperaba.El 15 de septiembre fue destinado como buque insignia del comandante Robert F. Stockton partiendo al océano Pacífico en octubre.Mientras el USS Cumberland era espoloneado y hundido, el Congress soltó amarras pero encalló en aguas poco profundas, quedando sometido al cañoneo a distancia de sus adversarios.El CSS Virginia despachó botes para tomar el buque rendido, pero mientras los supervivientes del USS Congress eran evacuados, las baterías de la Unión en la costa norte abrieron fuego impidiendo la captura, por lo que en represalia el Virginia abrió nuevamente fuego con balas de cañón al rojo vivo y municiones incendiarias.Al día siguiente se produciría la histórica batalla de Hampton Roads entre el Virginia y el USS Monitor.En septiembre de 1865 el Congress fue reflotado y, trasladado a Norfolk, fue desguazado para su venta como chatarra.
