Cuando fue liberado, su padre lo envió a los Estados Unidos otra vez, donde su abuelo, el congresista William Anderson lo ingresó en la armada estadounidense en 1829.

Después de la guerra Porter dejó la armada temporalmente para mejorar sus conocimentos sobre barcos.

Durante el principio de la guerra civil en 1861 Porter se convirtió en comandante.

Luego mandó la flota del Misisipi desde el octubre de 1862 y fue promocionado para ello a contraalmirante.

Siguió estando activo en la marina hasta su muerte, que ocurrió en Washington D. C. Fue enterrado en el cementerio nacional de Arlington.